簡単なあらすじ
1) 科学者のセバスチャン・ケイン(ケヴィン・ベーコン)は、国家の極秘プロジェクトで、生物を透明にし、再び復元するという研究を行っていた。動物実験では成功し、セバスチャンは次に、自らの体で人体実験を行うのだった。
2) 透明人間となったセバスチャンだったが、復元することはできず、透明なままだった。透明になって凶暴になったセバスチャンは、勝手に研究所を抜け出して、隣人の女性を乱暴してしまう。
3) 同僚のリンダ・マッケイ(エリザベス・シュー)やマシュー “マット”・ケンジントン(ジョシュ・ブローリン)らは、軍部にセバスチャンのことを報告しようとするのだが、セバスチャンはそれを阻止する。そして、透明となったセバスチャンのことを知る研究員たちを、皆殺しにしようとする。
4) セバスチャンは、研究所を爆破しようと爆破装置のタイマーをセットする。リンダとマットは、セバスチャンの攻撃を受けつつも研究所から無事に脱出する。セバスチャンはエレベーターに繋がれ、落下して死亡するのだった。
起：極秘プロジェクト
科学者のセバスチャン・ケイン(ケヴィン・ベーコン)は、国家の極秘プロジェクトで、生物を透明にし、再び復元するという研究を行っていた。メスのゴリラ・イザベルでの試験では、透明にした後、復元の最中にそのゴリラが心停止を起こしたものの、何とか一命を取り留めて復元に成功した。
セバスチャンは、実験について顧問であるハワード・クレイマー博士(ウィリアム・ディヴェイン)に報告を行う。復元の最中に心停止を起こすなど、もうしばらく時間が必要であるとセバスチャンは説明するのだが、クレイマー博士は、「早く研究成果を見せろ」と急がせるのだった。
セバスチャンは、同僚のリンダ・マッケイ(エリザベス・シュー)、 マシュー “マット”・ケンジントン(ジョシュ・ブローリン)に「次の段階の実験を行う」と告げる。それは、セバスチャン自らに投薬するという実験だった。リンダ、マットは止めるが、セバスチャンは自らの体で人体実験を行うのだった。
承：透明人間
セバスチャンは、3日透明でいた後、復元するという実験を行う。まずは透明にする薬を投薬し、セバスチャンは一度、危険な状態に陥るが、透明になるのだった。透明になったセバスチャンは、同僚にイタズラをして驚かせたり、研究所の周囲をうろついたりするのだった。
3日後、復元を試みることになった。ところが、投薬を行っても体をもとに戻すことはできなかった。透明になる薬を使用すると、凶暴になる。セバスチャンもまた、苛立っていた。研究所を抜け出すと、セバスチャンは自宅アパートへと戻る。
セバスチャンは、研究所へ持っていく本やCDを用意していた。だがその直後、隣人の女性をセバスチャンは乱暴してしまう。
セバスチャンは、研究所へと戻る。リンダは、セバスチャンに「また外に出るようであれば、クレイマー博士に報告する」と警告する。だが、セバスチャンはサーモセンサーの監視カメラで映像をループさせるよう細工をして、再び外に出る。そこで、リンダとマットが性行為に及んでいるのを目撃し、怒りを覚える。
転：セバスチャンの凶行
セバスチャンが逃亡していることが明らかとなり、リンダとマットは委員会に報告をしようと話し合う。だが、そのそばには透明になったセバスチャンがおり、聞いていた。
クレイマー博士は、リンダたちの話を聞き、失望して「君たちはクビだ」と言う。軍部に報告を行おうとするが、クレイマー博士はセバスチャンにより溺死させられてしまうのだった。
リンダたちは、クレイマー博士の家に電話をかけ、そこで博士が死亡したことを知らされる。自分たち自ら軍部へ報告しようとするが、電話は通じておらず、さらにはID情報が消去されており、研究所の外へと出ることができなかった。
そんな中、研究員のジャニス・ウォルトン(メアリー・ランドル)が殺害され、セバスチャンは自分たちを皆殺しにしようとしているのではないか、と考える。さらには、カーター・アビー(グレッグ・グランバーグ)がセバスチャンに襲われてしまう。サラ・ケネディ(キム・ディケンズ)は、カーターのため、輸血用の血液を探しにいくが、そこでセバスチャンに殺害される。
さらには、マットもセバスチャンに襲われ、重傷を負うのだった。セバスチャンは、リンダとマットを冷凍保存庫に閉じ込めて、設定温度を下げたまま立ち去る。リンダは、まずマットをダクトテープで手当てをする。そして、電磁石によって冷凍保存庫の留め金を外し、マットを残して救助を求めに行くのだった。
結：脱出
セバスチャンは、研究所を爆破すべく、ニトログリセリンを遠心分離機にかけ、タイマーをセットして爆破装置を稼動させる。その上で、そのタイマーを止められないよう、キーボードを破壊した。
セバスチャンが施設を去ろうとエレベーターに乗り込もうとしたところ、リンダが現れた。リンダは、即席の火炎放射器でセバスチャンを攻撃する。セバスチャンはヤケドを負うが、リンダに襲い掛かり、首を絞める。だが、そこにマットが現れ、バールでセバスチャンを殴り、リンダを助けるのだった。再び襲い掛かるセバスチャンを、マットはボックス内に閉じ込め、感電させるのだった。
リンダとマットは、エレベーターシャフト内のハシゴを上る。だが、爆破が起きてエレベーターが迫り来るため、リンダたちは逃げ惑う。そんな中、再び現れたセバスチャンは、リンダの足を掴む。リンダは、ハシゴから落下してしまい、セバスチャンにキスを無理やりされる。リンダは、セバスチャンをエレベーターのケーブルにつなぎ、得れべべーターもろとも落下させるのだった。
リンダとマットは無事に脱出し、救急搬送されるのだった。
