あらすじ(まずはネタバレなし部分まで)
「ジュラシック・ワールド」で恐竜が脱走し、パーク内で惨劇が起きた事件から6ヶ月後、依頼主の命を受け、傭兵グループが犠牲を払いながらもインドミナス・レックスの遺体からDNAを採取していた。だがその活動中、ラグーンゲートは誤って解放され、モササウルスは海へと逃げ出してしまうのだった。
さらに事件から3年後、イスラ・ヌブラル島では、恐竜たちが棲息していた。だが、その島のシボ山で、火山噴火が起きたことで、恐竜たちの生命が脅かされていた。連邦議事堂の議会で議論がなされる中、イアン・マルコム(ジェフ・ゴールドブラム)博士は、島の恐竜は「火山で死ぬべきだ」と主張していた。
一方、元「ジュラシック・ワールド」の運用管理者クレア・ディアリング(ブライス・ダラス・ハワード)は、イスラ・ヌブラル島に棲息する恐竜を保護するため、「Dinosaur Protection Group」を設立した。クレアは、ジョン・ハモンドの友人であるベンジャミン・ロックウッド(ジェームズ・クロムウェル)と知り合い、「Dinosaur Protection Group」の支援を取り付けることに成功する。
クレアは、「ジュラシック・ワールド」で恐竜飼育・監視員をしていたオーウェン・グレイディ(クリス・プラット)たちとともに、再びイスラ・ヌブラル島へと足を踏み入れるのだった。
火山噴火に伴い、気候や地盤が不安定な島で、オーウェンはヴェロキラプトルのブルーを探すように指示される。クレアは、ロックウッド財団のイーライ・ミルズ(レイフ・スポール)に、ブルーら11種類の恐竜のみ救出できると説明されていたのだった。
あらすじ(ネタバレあり、結末まで)
クレアもまた、恐竜救助に当たっている中、恐竜を島から脱出させるために派遣された、ミルズの派遣した傭兵たちが島に上陸していた。火山は噴火し、オーウェンたちは逃げ惑いながら捕獲したブルーら恐竜を運び出し、島から脱出を図る。
恐竜たちは島から、カリフォルニア州にある「ロックウッド・エステート」と呼ばれる邸宅の施設へと運ばれる手はずとなっていたのだった。
ロックウッドの孫娘メイシー(イザベラ・サーモン)は、ミルズが密かに恐竜をオークションで兵器として売ろうとしていると話しているのを聞いてしまう。そして、さらにはインドミナス・レックスとヴェロキラプトルのDNAを用いた、新たな恐竜「インドラプトル」も作り出していたのだった。メイシーは、祖父にそのことを伝え、ロックウッドはミルズに抗議するが、ミルズは彼を殺害するのだった。
恐竜がロックウッド・エステートに着くと、オーウェンとクレアは捕らえられてしまう。彼らは逃げ出すと、「インドラプトル」がオークションにかけられているのを見かける。オーウェンは、スティギモロク解放し、オークションを混乱に陥らせる。
傭兵のケン・ウィートリーは、暴れる「インドラプトル」に鎮静剤を打ち、歯をトロフィーとして持ち帰ろうとする。だが、途中でめざめた「インドラプトル」に殺害される。
ミルズは、オーウェンとクレアに、「メイシーは、ロックウッドによってクローン技術により再生された。人間のクローニングに反対したジョン・ハモンドは、ロックウッドとの提携を終わらせた」と明かす。
オーウェン、クレア、メイシーがインドラプトルから逃げる中、保護グループの女性メンバーのジア・ロドリゲス(ダニエラ・ピネダ)は、ブルーを解放させ、インドラプトルをガラス屋根へと落下させ、倒すのだった。
シアン化水素ガスが、恐竜たちのいるケージ内に撒かれた。だが、欲のために恐竜を死なせることができなかったメイシーは、オーウェンの制止を振り切って恐竜たちを逃がす。ミルズは、ティラノサウルスとカルノータウルスによって殺害されてしまう。オーウェン、クレア、メイシーは屋敷を後にし、ブルーを始めとする恐竜たちは逃げ出す。
連邦議事堂の議会では、マルコム博士は「恐竜と人間は共存すべきである」と発言していた。すでに逃げ出した恐竜たちは、自然の多いエリアだけでなく、都市部ですら見かけるようになっていたのだった。
