簡単あらすじ
1) 窃盗集団「ザ・ワークス」のリーダーであるトーマス・ドーソン(ニック・テイト)は、次期リーダーを発表するため、ルパン三世(小栗旬)たちを自宅に集める。そこで、メンバーのマイケル・リー(ジェリー・イェン)は、父親を裏切られて殺されたと思い、そのことを恨んでドーソンに詰め寄る。乱戦となり、リーの仲間であるロイヤルによって、ドーソンは殺害される。
2) 混乱の中、ドーソンのクリムゾンハート・オブ・クレオパトラの一部、「光の首飾り」がリーによって持ち去られる。ルパンは、リーから光の首飾りを奪い返そうと考え、峰不二子(黒木メイサ)、次元大介(玉山鉄二)、石川五ェ門(綾野剛)らとともに、リーの行方を追う。
3) 光の首飾りを取り引きに使い、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラの一部、「真紅のルビー」(注釈：光の首飾り、真紅のルビー2つが揃ってクリムゾンハート・オブ・クレオパトラ)を所有するモムラーチャオ・プラムックにリーは対峙する。そこで、リーはプラムックに、「お前の父親を裏切ったのは俺であり、ドーソンは俺に罪を着せられただけだ」と明かされる。
4) リー、ルパンは共闘し、プラムックからクリムゾンハート・オブ・クレオパトラを取り返そうとする。リーは作戦の最中でルパンを助けるために死亡する。ルパンは、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラを手に入れ、不二子にプレゼントする。不二子を手に入れようとしたルパンだったが、そこに現れた銭形警部(浅野忠信)に邪魔され、次元とともに逃げ出す。
起：ザ・ワークス
厳重な防犯システムを備えたシンガポールのホーガン美術館で、古代オリンピック最初のメダルが盗まれる。メダルを手にしたのはルパン三世(小栗旬)であり、他にも峰不二子(黒木メイサ)らは、何者かに指示され、競い合うようにしてメダルを狙っていた。だが、ルパンは峰不二子(浅野忠信)を傷つけると脅され、マイケル・リー(ジェリー・イェン)にメダルを渡す。
香港警察で、銭形警部は事件の背後に、窃盗集団「ザ・ワークス」のリーダーであるトーマス・ドーソン(ニック・テイト)が関与していると睨んでいた。ドーソンは、「古代オリンピックのメダルを盗んだ者に、次のリーダーを譲る」と宣言したのだった。銭形は、「ザ・ワークス」のメンバーや、ルパンたちを一網打尽にすべく、ドーソンをマークしていた。
ドーソンの自宅には、「ザ・ワークス」のメンバーが集結。そして、次期リーダー候補者たちである、ルパンもその中にいた。メダルを獲得したのは、峰不二子だった。ドーソンは、ルパンたちにコレクションを見せる。中でも、アントニウスがクレオパトラに贈ったというクリムゾンハート・オブ・クレオパトラの一部、「光の首飾り」は、ドーソンにとって思い出深い品のようだった。
承：ドーソンの死
ドーソンの部下であるマイケル・リーが、ドーソンの首筋にガラス片を突きつける。リーは、エドワード・ラムこと父親が、ドーソンのせいで死んだと恨んでいたのだった。リーやその仲間、ルパンたちは混戦となる。そんな中、リーの仲間であるロイヤルが、ドーソンを射殺。リーたちは、光の首飾りを奪って逃げ出した。
ルパンは、次元大介(玉山鉄二)、峰不二子に声をかけ、「盗んだものを盗み返す」と、リーからメダルと光の首飾りを奪い返すべく行動を開始する。
1年後、ルパンは不二子から誘われ、不二子の待つホテルに向かう。だが、そこにいたのは、銭形警部だった。不二子は、自分が逮捕されない代わりに、ルパンを銭形へ差し出したのだった。
逮捕されたルパンは、銭形から、リーがクリムゾンハート・オブ・クレオパトラの一部である「真紅のルビー」を所有するマフィア、モムラーチャオ・プラムックと取引を行おうとしていると聞かされる。
銭形は、プラムック逮捕のため、ルパンの今までの犯罪を免責する代わりに、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラを盗むよう、司法取引を持ちかける。ルパンは、情報を手にして、その場から逃走する。
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転：仲間たちの集結
ルパンは、石川五ェ門(綾野剛)を仲間に誘い、再びタイに戻る。ルパンは、次元、不二子、五ェ門と取引会場のバイセルに潜入し、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラを盗もうとする。その道中、ルパンはロイヤルたちに襲撃されるが、五ェ門の働きにより危機を回避する。
ルパンは、不二子とリーが話をしているのを立ち聞きする。リーと峰不二子は兄妹であり、さらにリーは、ドーソンに裏切られ、父親が殺害されたのだと思い、ドーソンを襲撃したのだったと判明する。ルパンは、リーに対し、必ずクリムゾンハート・オブ・クレオパトラを奪う、と宣戦布告を行う。
光の首飾りのオークション会場で、リーはプラムックから、父親は彼に裏切られ、ドーソンは罪を着せられていただけだと知らされる。そして、リーはロイヤルにも裏切られ、ロイヤルはプラムックの部下だと判明する。
2人の会話を聞いていたルパンは、ネックレスを盗む作戦を中止し、プラムックの「全てを奪う」と、復讐を誓う。リーは、ルパンたちのアジトにやってきて、共闘作戦を持ちかける。
結：プラムックとの決着
銭形は、ナローン司令官と、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラの置かれる孤島の要塞「ジ・アーク」を訪れる。銭形は、プラムックにルパンからの予告状の入ったメディアを渡すが、そのメディアにはコンピュータウイルスが仕込まれており、システムがハッキングされてしまう。実は、その銭形とナローン司令官は、変装していたルパンとリーだった。
ルパンとリーは、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラの置かれた「ジ・アーク」の最上階を目指していた。ルパンとリーは、ロイヤルたちと戦うことになり、逃げ出す。一方、ルパンは本物の銭形にも知らせるかのように、タイ陸軍本部をハッキングしており、銭形らも「ジ・アーク」に向かう。
「ジ・アーク」の最上階で、ルパンとリーは、天才ハッカー・ヨゼフの協力により、保管庫内にたどり着く。だが、その中には、さらにマンガニーズ金庫があり、解錠が必要だった。ルパンは見事に金庫を開き、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラを手に入れる。
だが、プラムックにより保管庫内に閉じ込められ、真空チャンバーにより窒息させられそうになる。ルパンは爆弾を使って脱出を図ろうとする。空気が減り、失神寸前で起爆させようとするルパンだったが、リーはルパンを助けるため、ルパンを殴って気絶させ、金庫に入れた後、起爆する。爆発により、リーは死亡する。
プラムックは、秘書のミス・ヴィー(ラター・ポーガーム)に、脱出したルパンを連れてくるように命じる。次元らとともにプラムックに捕まったルパンだったが、そこに銭形とナローン司令官らが現れる。
ルパンは、プラムックの犯罪の証拠を陸軍本部に送っており、プラムックやミス・ヴィーは、銭形に逮捕される。銭形は、ミス・ヴィーからクリムゾンハート・オブ・クレオパトラを取り上げる。
クリムゾンハート・オブ・クレオパトラをプラムックから取り返したことから、銭形はルパンを見逃す。だが、銭形は、引き返した途中、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラが偽物だと気づくが、ルパンたちは消え失せていた。
ルパンは、クリムゾンハート・オブ・クレオパトラを不二子にプレゼントする。そこで、「お前は、マイケルの妹なんかじゃなかったんだな」と告げる。不二子は、「私は彼を利用していただけよ」と言うが、ルパンは「お前はマイケルに、生きる希望を与えていたんだ。生き別れた妹を探すマイケルのために」と言う。本当に妹だったのではないか、と言うルパンだったが、不二子は「美化し過ぎよ」と否定する。
不二子に言い寄ろうとするが、銭形に邪魔され、逃げ出す。ルパンに居場所を教えたのは、不二子だった。五ェ門、そしてルパンと次元は、銭形から逃げ出す。拡声器を持って必死に追いかける銭形を尻目に、ルパンたちは楽しそうに笑うのだった。
