簡単なあらすじ
1) 10年前、ヴォルデモート(リチャード・ブレマー)によってハリー・ポッターの両親は殺害されてしまう。1歳の赤ん坊であったハリーもまた、殺害されそうになるが、ヴォルデモートは魔法が自分にはね返り、体が消失してしまう。ハリーは、額に雷模様の傷がつき、孤児としてダーズリー家に引き取られる。
2) ハリーのもとに、ホグワーツ魔法魔術学校の入学許可証が届けられ、彼はルビウス・ハグリッド(ロビー・コルトレーン)に連れられて入学する。そこで、ハリーは何度となく命を狙われる。その中で、殺害しようとしているのは教師のセブルス・スネイプ(アラン・リックマン)であり、彼が「賢者の石」を狙っているのではないかと考え始める。
3) アルバス・ダンブルドア(リチャード・ハリス)校長が不在の日、スネイプが賢者の石を盗みに入っているのではないかと考えた、ハリーや友人のロン・ウィーズリー(ルパート・グリント)、ハーマイオニー・グレンジャー(エマ・ワトソン)たちは、阻止に向かう。だが、そこにいたのはクィリナス・クィレル先生（イアン・ハート)だった。
4) クィレルは、ヴォルデモートに憑りつかれており、ヴォルデモートの肉体復活のために賢者の石を奪おうとしていたのだった。ハリーは立ち向かい、クィレルはハリーの体に触れて焼失する。ハリーには、母親が彼を守るための魔法がかかっていたのだった。ハリーたちの奮闘により賢者の石は守られる。彼らの活躍により、学年度末のパーティーで、ハリーたちが所属するグリフィンドール寮が寮杯を獲得するのだった。
起承転結：
10年前、ヴォルデモート(リチャード・ブレマー)によってハリー・ポッターの両親は殺害されてしまう。1歳の赤ん坊であったハリーもまた、殺害されそうになるが、ヴォルデモートは魔法が自分にはね返り、体が消失してしまう。ハリーは、額に雷模様の傷がつき、孤児としてダーズリー家に引き取られる。
ハリー(ダニエル・ラドクリフ)は、階段下の狭い部屋に住まわせられ、虐げられていた。彼は、従兄のダドリー・ダーズリー(ハリー・メリング)に追いかけられて素早く移動したり、動物園の窓ガラスをなくし、ダドリーを蛇の展示スペースに入れたりと、自分でも不思議な力があった。
11歳の誕生日を間近に控え、彼に手紙が送られてきていた。叔父バーノン・ダーズリー（リチャード・グリフィス)がその手紙をこっそりと処分してしまう。何度となくその手紙は届けられ、バーノンは、人里離れた孤島のホテルに逃げる。だが、そこにも手紙は届けられた。
そんな彼のもとに、ルビウス・ハグリッド(ロビー・コルトレーン)という大男が現れる。そこで、ハグリッドはハリーに、両親が本当は魔法使いであり、ヴォルデモート卿に殺害されたのだと明かす。ついにハリーはその手紙を受け取る。そこには、ホグワーツ魔法魔術学校に入学を許可すると書かれていた。
ハグリッドは、叔父が反対するもハリーを連れて行く。翌日、ハリーとハグリッドは、ロンドンのダイアゴン横丁に向かう。ハリーは、初めて魔法の世界にそこで触れる。そこでも、ハリーは有名人だった。そこで、ハリーは入学に必要なものを揃える。
ハリーは、キングス・クロス駅 9と3/4番線から出るというホグワーツ急行に乗る。汽車の中で、ハリーはロン・ウィーズリー(ルパート・グリント)、ハーマイオニー・グレンジャー(エマ・ワトソン)と出会う。組み分け帽子により、ハリーはグリフィンドール寮に住むことになる。その入学式の挨拶で、アルバス・ダンブルドア(リチャード・ハリス)校長は、「禁じられた森」「4階の廊下」には入らないように言う。
ハロウィンの日、クィリナス・クィレル先生（イアン・ハート)が、「トロールが城の中に侵入してきた」と告げる。ハリーとロンは、襲われるハーマイオニーを助け、この一件で3人は親友になる。
初めてのクィディッチ試合で、ホウキから落下しそうになる。ハリーは、セブルス・スネイプ(アラン・リックマン)先生が魔法をかけて自分を殺害しようとしているのではないか、と考える。だが、ダンブルドア校長はスネイプを信用している様子だった。ハリーたちは、スネイプが「禁じられた4階の廊下」で何かをしようとしているのではないか、と考える。
ハリーは、クリスマスに贈り主の書かれていないプレゼントを受け取る。中には、透明になれるマントが入っていた。ハリーは、そのマントを使い、ハグリッドの言っていた「ニコラス・フラメル」なる人物について調べようとするが、管理人のアーガス・フィルチ(デイビッド・ブラッドリー)に見つかってしまい、逃げ出す。
フラメルは、錬金術師だった。彼は、どんな金属も金に変えられ、不老不死となる水を生み出す「賢者の石」を持っていたのだという。ハリーたちは、その賢者の石をスネイプが狙っているのだと考える。
ハグリッドは、ドラゴンの卵を孵し、秘密裏に育てていた。だが、もはや手に負えないほど大きくなり、ハグリッドはそのドラゴンを逃がしてやりたいと思っていた。ハリーやロンたちは協力するが、夜中に出歩いていることを知られてしまい、フィルチに咎められる。罰として、ハリーたちはハグリッドの仕事を手伝うよう命じられ、その中で何者かに襲われる。そこで、ヴォルデモート卿が自らの体を復活させるため、賢者の石を手に入れようとしていると知る。
ダンブルドア学長が不在の日、スネイプが賢者の石を盗み出すのではないか、とハリーたちは考える。賢者の石を守るトラップをかいくぐり、ハリーがたどり着いた先にいたのは、スネイプではなくクィレルだった。
クィレルは、ヴォルデモートに憑り付かれており、賢者の石を盗み出そうとしていた。ハリーは、クィレルに立ち向かう。その中で、クィレルはハリーに触れ、焼け死んでしまう。憑依していたヴォルデモートの霊体は、どこかへと飛び去っていった。
ハリーは、医務室で目覚める。ダンブルドア学長は、ハリーは母親の魔法で守られており、その魔法がクィレルを倒してくれたのだと明かす。そして、スネイプ先生はハリーをクィレルから守ろうとしていたのだとハリーは知らされるのだった。
学年度末のパーティーでは、寮対抗杯の点数が発表される。そこで、ハリーたちの活躍が評価され、グリフィンドールが優勝するのだった。
