簡単なあらすじ
1) 飛騨の糸守町に暮らす女子高生の宮水三葉(上白石萌音)と、東京に暮らす男子高校生・立花瀧(神木隆之介)は、たまにお互いが入れ替わることに気づく。三葉は最初、戸惑っていたものの、東京暮らしを満喫するようになる。
2) 瀧、三葉は入れ替わる中で、次第にお互いに好意を持つようになる。瀧は、三葉に連絡をとろうとするが、電話は通じず、メールも送れなかった。瀧は、ついに三葉と入れ替わった時に見た光景をもとに、三葉に会いに行く。だが、瀧が調査を行う中で、糸守町は3年前に彗星の欠片である隕石が落下し、消滅してしまったことを知る。三葉も亡くなっており、瀧は3年前の三葉と入れ替わっていたことを知る。
3) 瀧は、宮水神社のご神体に備えられた三葉の作った口噛み酒を飲み、再び三葉と入れ替わる。三葉と入れ替わった瀧は、友人の勅使河原克彦(成田凌)たちと協力し、町民たちを避難させようとする。だが、町長である父・トシキを説得することもできず、どうすべきか迷う。ご神体のある場所で黄昏時を迎え、三葉と瀧は出会う。三葉は、なすべきことが何かを再認識し、成し遂げようと決意する。克彦とともに電波ジャックで町内放送を流し、さらには父・トシキをついに説き伏せる。町民たちは避難し、その命が救われるのだった。
4) 瀧・三葉は、お互いの名前や存在を忘れてしまっていた。だが、お互いに「何か大切なものを探さなければならない」とずっと思い続けていた。瀧は高校・大学を卒業し、就職活動を行っていた。そんな中、すれ違う電車でお互いの姿を見て、ようやく「探していたもの」の存在に気づくのだった。2人はすぐに駅を出て、お互いを探す。ついに出会った2人は、「君の名前は？」と訊ねるのだった。
起：三葉の夢
飛騨の糸守町に、女子高生の宮水三葉(上白石萌音)が暮らしていた。母は幼い頃に亡くなり、それをきっかけに父・トシキ(てらそままさき)は家を出ていった。そのため、祖母・一葉(市原悦子)、四葉(谷花音)とともに3人で暮らしていた。
一方、東京に暮らす男子高校生・立花瀧(神木隆之介)は、父と2人暮らしをしていた。瀧は、彗星が再接近する日、屋上で夜空を見上げていた。
三葉の家は、代々続く宮水神社の神主を務める家柄であった。そのため、三葉は神社の儀式を行っていた。その様子を同級生に見られ、三葉は恥ずかしさを感じる。そして、父は町長を務めていることから、何かと噂されることもあり、狭く息苦しい糸守町を出て、東京暮らしをすることを三葉は望んでいた。
三葉は、夜空に向かって「来世は、東京でイケメンの男子にしてください！」と叫ぶ。その晩、三葉は奇妙な夢を見る。それは、自分が「立花瀧(神木隆之介)」という男子高校生になり、東京で学校生活やバイトをする夢だった。夢にしては、あまりにもリアルであり、三葉はまるで東京暮らしを実体験しているかのような感覚になる。そして、その生活を満喫していた。
承：瀧と三葉
夢から覚めると、友人の勅使河原 克彦(成田凌)や、名取早耶香(悠木碧)たちから、「昨日はどうした？」と不思議がられる。自分の名前や、教室の席が分からなくなっており、おかしな様子だったのだという。
さらに授業中、ノートには「お前は一体誰なんだ？」と書かれており、驚く。それからも、三葉は不思議な夢を見ることが多かった。そしてそのうち、それは夢などではなく、三葉と瀧は、お互いが入れ替わって現実世界で生活していることに気づく。
三葉は、瀧と入れ替わっている最中、バイト先の先輩・奥寺ミキ(長澤まさみ)と仲良くなる。ミキは、瀧が好意を寄せている女性であり、三葉はミキにデートの約束を取り付ける。三葉は、瀧がデートしていることを思うと、なぜか涙していた。
瀧は、驚きつつも喜んでデートに出かける。だが、その帰り、ミキに「前までは私のことを好きでいたみたいだけど、今は違う人のことが好きみたいだね」と言われる。瀧は、知らぬ内に三葉のことを意識していた。
瀧は、三葉に電話をかけようとする。だが、その電話は通じず、メールも届かなかった。情報のやりとりは、日記代わりに書いていた、ブログで文通のように行うしかなかった。一方、三葉は友人たちに誘われて、祭りに出かける。
ちょうどその祭りの日、1,200年前に接近したという彗星が近づくのだった。三葉たちも、彗星を眺める。その日から、瀧と三葉は、入れ替わることはなかった。
転：糸守町へ
瀧は、三葉の住んでいる町へと向かおうとする。入れ替わっている時に見ていた光景をスケッチし、町民たちに聞いて回るが、なかなか分からなかった。
諦めムードのなか、瀧は立ち寄ったラーメン屋で、それが糸守町であることを教えてもらう。その店主は、糸守町の出身者だったのだ。だが、そこで瀧は糸守町と聞き、そこがどのような状態であるか気づく。
糸守町は、3年目に彗星の欠片が隕石となって降ってきて消滅してしまっていた。瀧は、3年前、隕石が降ってくる前の三葉と入れ替わっていたのだった。瀧は、糸守町にまつわる書籍を読み、そこで三葉たち町民500人が死亡しているのだと知らされるのだった。
瀧は、一葉や三葉たちが訪れた宮水神社のご神体のある場所へと向かう。そこには、三葉が供えた口噛み酒が置かれていた。瀧は、その口噛み酒を飲み、再び三葉と入れ替わる。その日は、彗星が再接近する祭りの日だった。
三葉の体に入れ替わった瀧は、前日に三葉が東京へと向かったことを知る。三葉は、瀧に会いに行ったのだった。だが、3年前の時点では、瀧は三葉と入れ替わりは行っていない。そのため、瀧は三葉のことが分からなかった。別れ際、三葉は瀧に髪留めとして使っていた紐を渡すのだった。
瀧は、三葉の体で祖母・一葉に「隕石の欠片が降ってきて、町が消滅する」と伝えるが、祖母は信じようとしなかった。三葉は、克彦や早耶香にも話す。オカルト好きな克彦は、三葉の話を信じ、町民たちを避難させようと言う。
三葉は次に、町長である父・トシキを説得しようとする。だが、父は「病気にでもなったのではないか」と言い、取り合おうとしない。
三葉と入れ替わった瀧は、「三葉がご神体のところにいるかもしれない」と思い、向かう。ちょうど黄昏時、三葉と瀧は出会うのだった。瀧は、預かっていたのだという、三葉が髪留めとして使っていた紐を返す。そして、三葉の手に「俺の名前を書いておくね。忘れないように」と言う。そして、三葉にもサインペンを握らせ、名前を書かせようとするが、その途中で三葉は姿を消してしまう。
結：君の名は
三葉は、瀧の体に入れ替わった状態から、自分の体に再び意識が戻る。その時、既に祭りが始まろうとしていた。克彦は、計画通り、家業である建設会社から持ち出した爆発物で、送電所を爆破する。町は停電に陥り、電波ジャックを行う。「避難所は高校になっています。今すぐ、高校へと向かってください」と早耶香はアナウンスする。
だが、町民全員を避難することは困難であり、予定よりも早く電波ジャックを中止させられてしまう。三葉は、父を説得するしかないと考え、父のもとへと向かう。その途中、三葉は転んで倒れてしまうが、手のひらに瀧が書いた「すきだ」という文字を見て、再び奮起する。
父・トシキは、ついに三葉の話を信じ、町民たちを避難させることにする。結果、町民たちは救われるのだった。
瀧・三葉は、相手の名前や存在を忘れてしまう。だが、お互いに「何か大切なものを探さなければならない」とずっと思い続けていた。瀧は高校・大学を卒業し、就職活動を行っていた。
カフェで克彦と早耶香が結婚式の相談をしていたが、その2人のことを瀧は分からなかった。それからも月日がたち、瀧・三葉は街中ですれ違う。お互いに惹かれ合うものを感じるも、声をかけることはできなかった。
だが、すれ違う電車でお互いの姿を見て、ようやく「探していたもの」の存在に気づくのだった。2人はすぐに駅を出て、お互いを探す。ついに出会った2人は、「君の名前は？」と訊ねるのだった。
