簡単なあらすじ
1) 魔法動物学者であるニュート・スキャマンダー(エディ・レッドメイン)は、世界中の「ファンタスティック・ビースト(以下、幻獣)」を収集していた。彼は、新たな幻獣を探すべく、ニューヨークにやってきた。そこで、ブリーフケースから逃げ出した幻獣を探している途中、彼はパン屋を開くことが夢であるジェイコブ・コワルスキー（ダン・フォグラー)に出会う。
2) ジェイコブは、ニュートの持っていたブリーフケースと、自分の持っていたブリーフケースを間違え、持って帰ってしまう。出会ったポーペンティナ（ティナ）・ゴールドスタイン(キャサリン・ウォーターストン)とともに、ニュートはジェイコブのもとに向かう。すると、彼は自宅でそのブリーフケースを開けてしまっており、幻獣を街中に放ってしまっていた。ニュートは、ジェイコブに「一緒に幻獣を集めて欲しい」と依頼する。ジェイコブは、魔法使いたちと一緒に行動する中で、ティナの妹であるクイニー・ゴールドスタイン(アリソン・スドル)に好意を持つようになる。
3) 魔力を持つクリーデンス・ベアボーン(エズラ・ミラー)は、魔法使いたちと敵対する組織のリーダーであるメアリー・ルー・ベアボーン（サマンサ・モートン)の養子だった。クリーデンスはメアリーに虐げられていた。ある日、義妹が持っていた魔法の杖を見つけ、彼は自分が隠し持っていたとメアリーに勘違いされ、鞭で打たれてしまう。それをきっかけに、彼の中に宿る「オブスキュリアル」が暴走し、街を破壊し始める。
4) アメリカ魔法学会本部(MACUSA)の会長は、クリーデンスを殺害するよう命じる。そして、ニュートやパーシバル・グレイブス(コリン・ファレル)らの反対にも関わらず、彼は魔法使いによって殺害されてしまう。パーシバルは、魔法使いたち相手に暴れるが、ニュートによって彼は捕らえられる。そして、ニュートの呪文により、パーシバルの正体は、魔法世界を恐怖に陥れた闇の魔法使いであるゲラート・グリンデルバルド(ジョニー・デップ)であると判明する。
5) ジェイコブは、他の人間同様、ニュートたちの記憶を消される。だが、彼の元に後日現れたニュートは、ジェイコブに幻獣であるオカミーの卵と、「これをパン屋を開く資金調達のための担保にするといい」というメモを渡すのだった。また、ニュートは、ロンドンに戻る前、ティナに、「『ファンタスティック・ビーストと彼らがいる場所』という本を書き、その本ができたら渡す」と約束する。
6) しばらくして、ジェイコブはパン屋を開いて成功する。そのパンの形は、彼が出会った幻獣の形に似ていた。クィニーは彼の店を訪れ、ジェイコブは彼女に見覚えがあるような気がするのだった。
起：ニュートとジェイコブの出会い
1926年、闇の魔法使いであるゲラート・グリンデルバルドは、魔法世界を恐怖に陥れていた。ゲラートは、ヨーロッパで大規模な攻撃を行い、世界中の魔法使いたちは、次なる攻撃に怯えていた。
魔法動物学者であるニュート・スキャマンダー(エディ・レッドメイン)は、世界中の「ファンタスティック・ビースト(以下、幻獣)」を収集していた。彼は、そうした「ファンタスティック・ビースト」をブリーフケースに詰め込み、ニューヨークにやってくる。税関職員に検査されるが、ニュートはその目を欺いて通る。
廃墟と化した街を、魔法使いのパーシバル・グレイブス（コリン・ファレル)が訪れる。強大な魔力により、破壊されていたのだった。
ニュートは、魔法使いたちと敵対する組織のリーダーであるメアリー・ルー・ベアボーン（サマンサ・モートン)と遭遇する。メアリーは、魔法使いの罵声を浴びせる。そして、ニュートにも参加するよう呼びかけるのだった。
ニュートのブリーフケースから、ニフラーという幻獣が逃げ出してしまう。ニフラーは、光る銀のコインを見かけ、それを追いかけようとしたのだった。ニュートは、ニフラーを追って銀行へと入る。
銀行では、パン屋を開く資金を借りようとしている、ジェイコブ・コワルスキー（ダン・フォグラー)に出会う。ニュートは、ニフラーを追跡中に、卵を置き忘れてしまう。ジェイコブは、その卵を拾い、銀行員と相談してるところ、その卵が孵化しそうになってしまう。
ニュートは、それを察知してジェイコブを移動させるため、魔法の杖を使用する。ニュートは、金庫室でニフラーを見つけ、銀行員に捕まえられそうになるも、魔法で逃げ出す。ニュートは、魔法によってジェイコブの記憶を消そうとするが、その前にカバンで殴られ、逃げられてしまう。
承：逃げ出した幻獣
ポーペンティナ（ティナ）・ゴールドスタイン(キャサリン・ウォーターストン)は、ニュートが魔法を使うのを見ていた。そこでティナは、ニュートを連れてアメリカ魔法学会本部(MACUSA)に行く。ティナは魔女であり、かつてはそこで勤務していた。会長のセラフィーナ・ピッカリー（カーメン・イジョゴ)によって、彼女は解雇されていたのだった。
ティナは、パーシバルら魔法使いに会わせる。そこでニュートはブリーフケースを開けるのだが、そこにはパンが入っていた。ジェイコブが、自分のブリーフケースと誤って持っていってしまったのだった。
メアリーは養子たちに魔法使いの邪悪さを吹き込んでいた。養子であるクリーデンス・ベアボーン(エズラ・ミラー)は、メアリーのもとから離れたいと考えていた。そんな中、クリーデンスにパーシバルは「魔法の力を持つ子供(もう一人の養子であるモデスティ)を見つけてくれたら、君を自由にしてあげよう」と約束するのだった。
ニュートとティナは、破壊されているジェイコブの家を訪れる。ジェイコブは、スーツケースを開けてしまっており、家は破壊され、彼自身も幻獣に襲われていた。ニュートは、幻獣を捕まえ、ブリーフケースにしまう。
転：クィニーとの出会い
3人は、ティナの妹であるクイニー・ゴールドスタイン（アリソン・スドル)のもとへと向かう。そこでニュートは、ジェイコブの傷の手当をする。ジェイコブは、そこでクィニーに好意をもつようになる。
そして、幻獣たちについて話をするのだった。ジェイコブは、「オブスキュリアル」というまるで泡のような存在に出くわす。ニュートは、「触れないように」とジェイコブに注意する。
幻獣たちが逃げ出し、ニュートは、ジェイコブに彼らを再び捕まえることを手伝って欲しいと依頼する。2人は、彼らを探しに行き、宝石店でニフラー、そして動物園でエルムペントという幻獣を捕らえるのだった。そんな中、ティナはニュートとジェイコブをブリーフケースに捕らえ、MACUSAの集会にそのブリーフケースを持って行く。
ヘンリー・ショウ・ジュニア(ジョシュ・カウダリー)議員が大統領選に立候補すると宣言したところ、魔力によって彼は殺害されてしまう。ラングドン・ショー(ローナン・ラフテリー)は、それが魔女の力によると考えていた。
MACUSAの集会で、ヘンリー・ショウ・ジュニア議員を殺害したのは、ニュートのブリーフケースに入っている「オブスキュリアル」であると目され、さらには魔法界のことを人間に明かしたことから、ニュート、ティナ、ジェイコブたちは逮捕されてしまう。
パーシバルは、ニュートを尋問する。その中で、ニュートは、「オブスキュリアルは、魔法の力を持つ子供に対し、その力を抑制させたときに生み出される」と語る。そして、オブスキュリアルを宿した子供は、10歳以上生きてはいられないのだという。
ティナとニュートは、死刑執行をされそうになる。その前に、ティナは魔女に記憶の一部を抜き取られる。その記憶は、メアリーを責め、メアリーに虐げられている養子・クリーデンスを慰めているというものだった。
ティナが処刑になりそうになっている直前、ニューﾄは幻獣を放ってティナとともに逃げ出す。さらに、彼女の妹・クイニーは、ジェイコブを救い出すのだった。
結：クリーデンスの暴走
メアリーの家では、クリーデンスが妹・モデスティのベッドの下で、魔法の杖を見つけてしまう。クリーデンスが杖を隠し持っていると考えたメアリーは、クリーデンスを鞭で打つ。オブスキュリアルはコントロールを失い、メアリーを殺害する。
ニュート、ティナ、ジェイコブ、クィニーの4人は、「盲目の豚」と呼ばれる魔法酒場に向かう。そこで彼らは、店主のナーラック（ロン・パールマン)に会い、残る最後の幻獣デミガイズの居場所を訊く。ナーロックは、交換条件にニュートの持ち物をもらいうけ、「メイシーズに行けばみつかる」と教える。だが、ナーロックはニュートたちの居場所をMACUSAに教えており、彼らを売っていたため、ジェイコブはナーロックの顔を殴りつける。
ニュートたちは、騒ぎを起こしつつも、デミガイズ、オカミーを捕らえる。一方、パーシバルはモデスティのことを追ってメアリーの家にやってきて、そこで異変に気づく。クリーデンスは、オブスキュリアルを宿しており、ついにはその力を放出し、街を破壊し始める。
ニュートは、魔法使いたちがクリーデンスについての真実を知らずに、彼を殺害してしまうのではと考え、彼のもとへと向かう。だが、MACUSAのセラフィーナ会長は、彼を殺害するよう指示する。クリーデンスは攻撃を受け、ついに死亡してしまう。そんな中、魔法使いたちにパーシバルが立ち向かう。
パーシバルは、ニュートによって捕らえられ、さらには呪文によって、その正体が明らかとなる。パーシバルの正体は、魔法世界を恐怖に陥れているゲラート・グリンデルバルドだったのだ。ゲラートはついに捕らえられ、MACUSAに連行される。
ニュートは、フランクという幻獣を用いて、巻き起こしてしまった混乱についての人間の記憶を消去する。雨を降らせ、その雨にうたれると、記憶が消えるのだった。
ジェイコブもまた、やはり記憶を消さなくてはならない。彼は涙ながらにニュートたちに別れを告げ、「どうして、俺と一緒にいてくれたんだ？」と訊ねる。ニュートは、「君のことが好きで、友達だと思っているからだよ」と言う。
ジェイコブは、雨の中に立とうとするが、クィニーは魔法の傘を作り、少しの猶予を作る。そこで、彼女はジェイコブにキスをするのだった。彼は目を閉じると、3人は姿を消していた。
ジェイコブは、好きではない、古びた工場の仕事に戻る。そんな彼のもとに、ニュートが現れる。オカミーの卵と、「パン屋を開く資金調達のための担保にするといい」というメモを渡す。
ニュートは、ロンドンに戻ることにする。船に乗る前、ニュートはティナに、「『ファンタスティック・ビーストと彼らがいる場所』という本を書き、その本ができたら渡す」と約束する。
しばらくして、ジェイコブはパン屋を開いて成功する。そのパンの形は、彼が出会った幻獣の形にどこか似ていた。クィニーは彼の店を訪れ、ジェイコブは彼女に見覚えがあるような気がするのだった。
