簡単なあらすじ
1) トーマス、ニュート、フライパンの3人は、捕獲されたミンホらを救うため、世界災害対策本部(WCKD)を追跡し、捕らえられた子供たちを救出する。だが、そこにミンホの姿はなかった。
2) トーマスたちは、WCKD本部へと侵入する。その中で、彼らを裏切ったテレサと再会する。だが、テレサは裏切ったことを後悔しており、トーマスたちに協力する。ミンホの救出や、血清の入手を彼らが行う中、ニュートはフレアウィルスに感染し、冒されてしまう。フレアウィルスに感染したニュートは、理性を失う前に、トーマスへとペンダントを渡していた。クランクへとなり果てたニュートは、殺して欲しいと懇願するが、トーマスはそうすることができず、ニュートは自らを刺して死亡する。
3）トーマスは、WCKDのリーダーであるアヴァ・ペイジに対峙するが、そこでフレアウィルスに感染したジョンソンが現れ、アヴァは殺害される。そして、トーマスが捕らえられ、血液を奪われそうになるが、テレサに救出される。テレサは隣接する建物が崩壊し、死亡してしまい、トーマスはテレサの死を悲しむ。
4) トーマスたちは避難場所へと脱出し、そこで安全に暮らしていた。そこでトーマスはニュートから渡されたペンダントを開き、そこにメモが入れられているのを発見する。そこには、ニュートの「友人でいてくれたことを感謝する。そして、仲間を見守ってほしい」というメッセージが書かれていた。生き残った人々は、死んでしまった愛する人たちの名前を岩に刻んだ。トーマスは、岩にチャック、ニュート、テレサの名前を刻むのだった。
詳細なあらすじ
トーマス、ニュート、フライパンの3人は、捕獲されたミンホらを救うため、世界災害対策本部(WCKD)の列車を追跡していた。ホルヘとブレンダがWCKDの傭兵と対峙している間、トーマスとヴィンスは電車に乗りこみ、子供たちの乗った車列を切り離そうとする。彼らは気づかれてしまうのだが、ニュートたちメンバーたちが近くに隠れており、彼らは隠れ家へと戻ることに成功する。だが、ミンホは救出することはできなかった。
WCKDは、フレアウィルスの治療法を開発するため、ミンホたちを実験対象としていた。3人は、WCKDの本部のある都市へと向かう。一方、WCKDはミンホの血液から血清を作ることに成功したが、治療効果は得られなかった。都市は防御壁に囲まれていて、侵入は困難だった。周囲にはフレアウィルスの感染者たちが取り囲んでおり、WCKDの傭兵は発砲して彼らを追い払う。
そんな中、トーマスたちは覆面姿の連中に連れ去られてしまう。だが、その中の1人は死んだはずのギャリーであった。ギャリーは、トーマスたちをローレンスに会わせる。ローレンスは、反乱軍のリーダーだった。ローレンスは、トーマスたちに都市へと侵入できる出入り口を教える。だが、施設内部に入るためにはテレサの指紋が必要だった。
テレサは、トーマスたちを裏切ってWCKD側へとついたことを後悔していた。そこで、テレサはトーマス、ギャリー、ニュートに再会し、彼らに協力することとなった。テレサは、3人に埋め込まれたマーカーを除去し、WCKDが追跡できないようにした上で、4人で都市内部へと侵入する。そんな中、ニュートは、自らがフレアウィルスに感染していることを告白する。トーマスたちは、ニュートを治すことを約束する。
WCKDの本部へと足を踏み入れた4人は、ギャリーは血清を探し、トーマス、ニュート、テレサたちはミンホを探す。一方、ローレンスら反乱軍が都市の壁を破壊し、フレアウィルス感染者が都市内へと大挙して入り込むこととなった。そんな中、ニュートは病状が悪化し、クランクへと変わりつつあった。そのため、ニュートは自分のペンダントをトーマスへと渡す。
ギャリーは、捕らえられた子供たちと血清をブレンダに渡し、再びWCKD本部へと戻る。また、トーマスたちは、ミンホと医療施設で再会する。テレサは、ブレンダを救ったのがトーマスの血液であったことから、トーマスの血清からフレアウィルスに対するワクチンなり得ることに気づくのだった。一方、WCKDのリーダーであるアヴァ・ペイジもまた、トーマスの血液より作った血清が有効であることに気づく。
テレサは、トーマスの血清がフレアウィルスに対するワクチンとなり得ることを発見する。一方、ニュートはフレアウィルスに冒され、トーマスを襲おうとしてしまう。そこでニュートは、自らを殺して欲しいと言うのだが、トーマスはニュートを殺すことができなかった。そこでニュートは、自らを刺して死亡する。
トーマスは、WCKDへと戻り、アヴァに銃をむける。だが、アヴァはフレアウィルスに感染しているジャンソンに殺害されてしまう。ジャンソンは、トーマスを気絶させ、彼の血液を取り出すためのラボへと引きずっていく。
だが、テレサたちにトーマスは救出され、トーマスとテレサは脱出しようとする。テレサは、トーマスに完成した治療薬を渡す。そんな中、彼らの同盟の飛行機が現れ、トーマスはそれに乗ることができたが、テレサは隣接する建物が崩壊し、死亡してしまい、トーマスはテレサの死を悲しむ。
トーマスたちは避難場所へと脱出し、そこで安全に暮らしていた。そこでトーマスはニュートから渡されたペンダントを開き、そこにメモが入れられているのを発見する。そこには、ニュートの「友人でいてくれたことを感謝する。そして、仲間を見守ってほしい」というメッセージが書かれていた。生き残った人々は、死んでしまった愛する人たちの名前を岩に刻んだ。トーマスは、岩にチャック、ニュート、テレサの名前を刻むのだった。
