CIA分析官のジャック・ライアンは、元海兵隊員であった。ジャックはアフガニスタンで孤児の少年をヘリ乗せ、結果、その少年がヘリで手榴弾を爆発させたことにより、テロリストから保護した人々や、仲間を死なせてしまう。生き残ったのはジャック1人だった。そのことがトラウマとなり、不眠症に悩まされていた。
そんなジャックは、不審な資金の動きを察知し、上司のジェームズ・グリーアに「口座凍結を」と迫る。だが、グリーアが時期尚早として認めなかった。ジャックは、独断で口座凍結を財務省に申し入れる。グリーアは激怒するが、結果、その口座はテロ組織のリーダー「スレイマン」のものだと判明するのだった。
口座が凍結され、イエメンの銀行の支店長が2人の男性に接触を受ける。公安はその2人を捕らえ、ジャックはグリーアの命令で2人の尋問に同席することになる。その直前、ジャックは証券会社時代の上司の誕生パーティーに参加しており、その上司の娘で感染症専門医のキャシー・ミュラーに好意を持つ。
ジャックは、捕らえられた「ボディガード」であるという1人を尋問する。そんな中、テロリストの死体に扮して、男が1人潜入していた。その男は、スレイマンの弟・アリであり、また、「ボディガード」と称していた男こそが「スレイマン」ことムサ・ビン・スレイマンであると判明する。
ジャックは、スレイマン兄弟に尋問室で襲われながらも、手榴弾を使って脅し、危機を脱する。その後、スレイマンの持っていた携帯電話を解析し、フランスの警察やグリーアとともに、ジャックはフランスで口座へと送金しているグループを襲撃する。
そこには、スレイマンの弟・アリが再びおり、逃亡したアリをジャックたちは追跡し、仲間と落ち合ったところを捕らえる作戦を立てる。だが、アリは車を乗り換えており、途中、ジャックはアリと鉢合わせしてしまう。
ジャックはアリを射殺する。その後、彼が兄・スレイマンと連絡をとっていたテレビゲームのチャットを利用し、アリを装って仲間をおびき出そうとするが、途中で見破られてしまう。
一方、スレイマンの妻ハニンは、夫がテロリストと化していることに恐怖を覚え、娘たちとともに家を出る。息子は父のもとを離れることを嫌い、母ハニンに同行しなかった。ハニンは、娘2人とトルコの難民キャンプへと向かい、そこからヨーロッパへと渡るつもりであった。
ハニンが難民キャンプにいる情報を掴んだジャックは、彼女たちを保護しに向かう。そこには、スレイマンの部下も向かっており、命を狙われていた。ジャックは、グリーアとともにハニンと娘2人を保護することに成功する。
一方、スレイマンは、フランスの大規模な葬儀が行われる教会で、サリンを使ったテロを起こす。200人近くが犠牲となり、スレイマンは自らの犯行であると声明を出す。
「息子を無事に救出して」という彼女の希望を聞き入れることを引き換えに、ハニンは自宅の場所をジャックに明かす。情報により、スレイマンの自宅の場所が判明し、地上作戦によりスレイマン掃討作戦および、人質となっていた国境なき医師団のスタッフたち救出作戦が計画される。
いざその計画が実行に移されると、人質はそのままであったが、スレイマンたちの姿がなかった。スレイマンは、息子と娘たちのチャットを見たことにより、妻・娘がアメリカに保護されたことで、自宅の場所が明らかとなったと気づいたのだった。
国境なき医師団の医師の一人は、アメリカ合衆国大統領の友人であり、救出後に再会を喜んでいた。ジャックは、スレイマンの自宅に、その医師と大統領との関係が書かれた記事があったことから、国境なき医師団の人質がエボラ出血熱に感染させられており、大統領に感染させることを狙ったテロを画策していると見抜く。
大統領は、キャシーの勤務するワシントンの病院へと隔離されることとなった。彼は感染していなかったと判明した後、スレイマンが次にセシウムを用いた放射線テロを画策していることが明らかとなる。ジャックは、恋人ととなったキャシーに、すぐさま「病院を離れろ」とメールする。
スレイマンは、偽造パスポートでアメリカへと渡り、自らの手でテロを完遂しようとしていた。彼はまず部下に、大統領が入院する病院近くのカフェテラスで爆破テロを起こさせ、救急車を出動させた。そして、自らは救急隊員に扮して病院へと潜り込むのだった。
スレイマンは、院内の通風孔にセシウム入りの容器を設置し、携帯電話で放出しようとするのだが、妨害電波により電源をオンにできなかった。そのため、スレイマンは妨害電波の及ばない病院から離れたところに移動しようとする。
ジャックは、スレイマンを追跡し、地下鉄の通路で射殺する。間一髪でテロは未然に防がれたのだった。ジャックは無事に息子をハニンのもとへと返すことができて喜ぶ。それから数ヶ月後、スレイマンの残党も暗殺されることとなった。
グリーアは、モスクワの副局長へと昇進し、ジャックもまたグリーアの後釜としてT-FADの主任へと昇進を果たす。グリーアの「申し送りメモ」には、モスクワへのチケットが入れられており、「また会おう」と書かれていた。そのメモを読み、ジャックは思わず笑みが溢れる。
