簡単なあらすじ
1) 巨大な迷路の前に、少年少女たちは名前以外の記憶を失って運ばれてくる。同様にして、16歳の少年であるトーマス(ディラン・オブライアン)もゴンドラで運ばれてきた。
2) 迷路の中に棲むグリーバーという危険な生物に怯えつつ、トーマスたちは迷路の深部への入り口を発見する。
3) 迷路の最深部に到達すると、研究所のような場所を見つける。そこに残された映像で、エヴァ・ペイジ(パトリシア・クラークソン)と名乗る女性が、「地球は太陽フレアと、脳を冒すフレア・ウィルスの蔓延で危機的状況に陥った」と語っていた。その映像は、エヴァが拳銃自殺し、武装集団が現れるような様子で終わっていた。
4) 生存者たちは、武装した集団によって砂漠の中の施設に移送される。映像に映っていたエヴァは死んでおらず、実験が成功しつつあることに満足気であった。
起：トーマス
巨大な迷路が、少年たちの前に立ち塞がっていた。その迷路は、高い壁に囲まれ、その迷路への扉は、朝になると開き、夜になる前に閉じられた。扉が閉じられると、迷路は構造が変化し、二度と同じ道順ではなくなるのだった。
その迷路の近くには、月に一度、生活するための物資とともに、新しい「ランナー」と呼ばれる少年少女が送り込まれてくる。そんな彼らは、自分の名前以外、迷路にやってくる前の記憶はなかった。
新たな「ランナー」として、16歳の少年(ディラン・オブライアン)がゴンドラで運ばれてくる。ただ、彼は名前すら覚えていなかった。そんな彼は、横柄なリーダー格の少年・ゲイリー(ウィル・ポールター)とケンカしている最中、自分の名前が「トーマス」であることに気づく。
少年たちは、選ばれた数名が迷路の構造を調査し、限られた生活空間からの脱出を試みていた。だが、夜になって迷路の扉が閉まると、危険な生物・グリーバーが迷路内を闊歩する。そのため、夜には迷路の外へと出る必要があった。
グリーバーに傷つけられた者は、やがて正気を失ってしまい、その様子を目の当たりにしたトーマスは怯えていた。
承：迷路での一夜
ある日、迷路の扉が閉まる時間が迫る中、アルビー(アムル・アミーン)が迷路内で傷ついて、動けなくなったことを知る。アルビーを救出するため、トーマスは迷路に足を踏み入れる。
扉が閉まってしまい、トーマスとアルビーは迷路に取り残される。だが、彼らはグリーバーに怯えつつも扉が開かれる朝を迎え、無事に脱出に成功する。だが、トーマスは「許可もなく迷路に入った」と、ゲイリーに罰を与えられてしまう。
一方、ゴンドラで再び、新たなランナーが送り込まれてきた。テレス(カヤ・スコデラーリオ)は、「最後の1人」と書かれた紙を持ち、意識朦朧とする中、「トーマス…」とつぶやいた。
ゴンドラには、液状の物体が入った箱もあり、グリーバーに傷つけられ、自我を失いかけていたアルビーにその液体を注射すると、回復していったのだった。
転：迷路の深部
トーマスは、ミンホ(キー・ホン・リー)とともに、再び迷路へ入る。脱出するための出口を探していると、トーマスは迷路の深部への入り口を発見する。
その晩、グリーバーの群れが、迷路の外にも関わらず、少年たちを襲撃するのだった。その戦闘の最中、トーマスはフラッシュバックで、彼とテレスが、迷路の実験を行う研究機関・WCKD(ウィケッド)に属していたという記憶が甦る。
ゲイリーは、グリーバーに襲われたのが、勝手に迷路に入ったトーマスのせいであると責める。少年たちは、グリーバーに追い立てられるようにして、危険な迷路の中へと逃げこむしかなかった。
結：人類の危機
迷路の奥へと進んで行くと、研究所らしき場所に到達した。その場所には、エヴァ・ペイジ(パトリシア・クラークソン)と名乗る女性の映像が残されていた。
エヴァは、「地球は太陽フレアで灼熱化・砂漠化し、さらにはフレア・ウィルスの流行により、人類は絶滅の危機に瀕した。さらに、フレア・ウィルスは、人間の脳を冒し、自我を失ってしまう」と語った。映像は、エヴァが拳銃自殺し、その直後、武装した部隊が突入してくる様子で終わっていた。
突如、ゲイリーは銃を持ち、「迷路に留まらなければならない」と主張する。そして、トーマスを殺害しようとする。チャック(ブレイク・クーパー)は、トーマスの身代わりに撃たれ、ミンホはゲイリーを槍で刺殺する。
直後、武装した部隊がやってきて、トーマスらをヘリコプターで移送する。生存者たちは、砂漠の中の施設に運ばれるようだった。一方、映像で死んだはずのエヴァは、実は生存しており、実験が成功していると満足気であった。
