簡単なあらすじ
1) 緋村剣心(佐藤健)は、内務卿・大久保利通(宮沢和史)に「人斬り抜刀斎」の後継者だった志々雄真実(藤原竜也)の計画を止めて欲しい、と依頼される。志々雄は、新政府に裏切られ、復讐のために国家転覆を行おうとしていた。
2) 剣心は、志々雄の右腕・瀬田宗次郎(神木隆之介)との戦いの中で、逆刃刀が折れてしまう。刀匠・新井赤空のもとを訪れ、剣心は赤空の息子・青空に逆刃刀・真打を渡されるのだった。
3) 志々雄は、京都に火を放ち、装甲艦で東京を攻撃しようとしていた。その騒乱の中、薫が拉致されてしまう。
4) 海中へと投げ出された薫を救出すべく、剣心は海へ飛び込む。だが、意識を失った剣心は浜辺に打ち上げられ、比古清十郎(福山雅治)に抱えられる。
起：志々雄真実との討伐依頼
「人斬り抜刀斎」として恐れられた剣客・緋村剣心(佐藤健)は、神谷道場に身を寄せ、神谷薫(武井咲)と平穏な日々を暮らしていた。だが、そんな剣心を内務卿・大久保利通(宮沢和史)は呼び寄せ、国家転覆を狙う志々雄真実(藤原竜也)を止めて欲しい、と依頼する。
志々雄は、剣心の後継者として「影の人斬り役」を務めた人物だった。新政府に裏切られ、焼き殺されたはずだった。しかし、奇跡的に生き延びた志々雄は、徒党を組み、国家転覆を図ろうとしていた。そんな志々雄を止められるのは、剣心だけだと大久保は考えたのだった。斉藤一(江口洋介)もまた、志々雄討伐を試みたが、失敗に終わっていた。
迷う剣心だったが、大久保もまた、志々雄の右腕・瀬田宗次郎(神木隆之介)に暗殺され、志々雄を討つことを決める。必死に止める薫を置いて、剣心は京都へと向かう。
承：折れた逆刃刀
相楽左之助(青木崇高)は、剣心の行方を探していた元御庭番・四乃森青紫(伊勢谷友介)に倒され、剣心を救いに向かう。そして、薫もまた、左之助に同行して京都へと向かうのだった。
剣心は、志々雄の手下に襲われて返り討ちにしていると、そこに宗次郎が現れる。志々雄は、宗次郎に剣心と闘うことを命じる。激しいせめぎ合いの中、逆刃刀は折れてしまい、剣心は敗北を喫する。
転：京都大火
逆刃刀を失い、剣心は刀匠・新井赤空の行方を探す。居場所を突き止めるが、赤空は既に亡くなり、剣心は息子・青空に刀を作って欲しいと頼むが、断られてしまう。青空は、既に刀を作ってはおらず、包丁などを制作しているだけだった。
諦めた剣心は、青空の赤ん坊のために風車を渡そうとして戻る。だが、そこに沢下条張(三浦涼介)が現れていた。張は、赤空の最後の一振りを手に入れようとしていたのだった。張は、青空の子供を人質に取り、剣心は助けようとする。折れた逆刃刀で闘う剣心に、青空は逆刃刀・真打(赤空の創りだしていた2本目の逆刃刀)を投げ、剣心は勝利する。
張の尋問から、志々雄が京都大火を実行しようとしていることが判明する。実行日時、左之助、薫、そして斎藤一も警官隊を率いて、志々雄の手下たちに立ち向かう。剣心は、次々に現れる志々雄の影武者を倒していくのだが、騒乱の中、志々雄ばかりか、志々雄の側近である”十本刀”すらいないことに違和感を持つ。
結：志々雄の狙い
剣心が違和感を持つ中、宗次郎が現れて薫を拉致する。薫を追った剣心は、装甲艦のある場所へと辿り着く。志々雄は、装甲艦からの砲撃で、東京を攻撃しようとしており、それこそが真の狙いだったのだ。
剣心は、志々雄と剣を交えるが、佐渡島方治(滝藤賢一)に薫を海に突き落とされてしまう。剣心は薫を追って自らも海に飛び込む。
海中で意識を失った剣心は、浜辺に打ち上げられていた。そんな剣心を、比古清十郎(福山雅治)は抱え、立ち去るのだった。
