簡単なあらすじ
1) 1878年、東京で「人斬り抜刀斎」を名乗る男が、辻切りを繰り返す事件が多発していた。「人斬り抜刀斎」と呼ばれていた緋村剣心(佐藤健)は既に人斬りをやめており、鵜堂刃衛(吉川晃司)という男が「抜刀斎」を名乗っていたのだった。
2) 武田観柳(香川照之)は、阿片製造で莫大な利益を上げていた。観柳は、地上げに抵抗する神谷道場を立ち退かせるため、「抜刀斎は神谷伝心流の門人」であると嘘の情報を流した上で、鵜堂に人斬りをさせていたのだった。
3) 剣心は、神谷道場の神谷薫(武井咲)を守り、観柳の悪行を止めるべく立ち上がる。仲間となった相楽左之助(青木崇高)とともに、観柳の邸宅へと乗り込み、観柳を官憲・斎藤一(江口洋介)に逮捕させる。
4) 鵜堂は、剣心と剣を交えるため、薫を誘拐していた。剣心は鵜堂を倒し、危機に見舞われた神谷道場や薫を救うのだった。
起：戊辰戦争の終結
1868年に開戦した戊辰戦争。新政府軍と幕府軍とが入り混じって戦い、「人斬り抜刀斎」こと緋村剣心(佐藤健)は刀を振るい、幕府軍を斬り続けていた。一方、幕府軍の斎藤一(江口洋介)は、剣心の命を狙っていた。
援軍が到着し、戦いは新政府軍の勝利で終わった。敵味方のおびただしい遺体の中、剣心は剣を置いて立ち去る。一方、生き残ったことを悔いるような男が立ち上がり、危険な雰囲気を纏ったまま、戦地を離れるのだった。
承：剣心との出会い
1878年、東京で「人斬り抜刀斎」を名乗る男が、辻切りを繰り返す事件が多発していた。剣心は既に「不殺(ころさず)の誓い」を立て、みね打ちをする目的の逆刃刀を携えているのみであり、剣心は犯人ではなかった。”偽”抜刀斎の正体は、鵜堂刃衛(吉川晃司)という男だった。
亡き父の神谷道場を守る神谷薫(武井咲)は、抜刀斎が「神谷伝心流の門人」であると嘘の情報を流され、門下生が減ってしまったことに憤り、「人斬り抜刀斎」を倒すべく立ち上がった。
阿片の密造などの悪行で利益を得る実業家・武田観柳(香川照之)は、”新製品”の製造方法を知る高荷恵(蒼井優)が監禁していた場所から逃げ出したことから、鵜堂を差し向ける。警察に恵は助けを求めるが、次々に警官を斬る鵜堂を止めることはできなかった。鵜堂を止めるべく、薫は立ち向かうが、歯が立たない。そんな彼女を剣心は救うのだった。
転：観柳の狙い
薫は、剣心を神谷道場に連れてくる。道場には、孤児である明神弥彦(田中偉登)も門下生として住んでいた。そこへ、観柳の手下たちがやってきて、神谷道場を乗っ取りにやってきた。周囲を地上げしていた観柳が、「抜刀斎は神谷伝心流の門人」と噂を流したのも、道場の門下生を離れさせ、地上げをしやすくするためだった。
剣心は観柳の手下を倒し、再び薫の窮地を救うが、警官に連行されてしまう。勾留された剣心を、官憲となっていた齋藤は、山県有朋(奥田瑛ニ)に合わせる。観柳の悪行を止めて欲しいと頼まれるが、剣心はその依頼を断り、山県は剣心を釈放させる。
剣心が神谷道場に戻ると、そこに恵が身を隠していた。薫、恵、弥彦らとともに剣心がすき焼き屋に行くと、そこには観柳がいた。「用心棒になれ」と言われる剣心だったが、そこで相楽左之助(青木崇高)が名乗りを上げる。軽やかに攻撃をかわすだけで戦意のない剣心に、相楽は攻撃をやめる。
結：鵜堂との決着
観柳は、井戸に毒物を入れ、次々に周囲の住民は体調に異変をきたしていた。医師である薫は、そんな彼らを介抱する。また、鵜堂の犠牲となった人々や、悲しむ人々の姿を見て、自ら「人斬り抜刀斎」として命を奪っていたことを剣心は思い出す。
怒りを覚えた剣心は、観柳を討つことを決める。観柳の邸宅に乗り込んだ剣心、左之助は、外印(綾野剛)、戌亥番神(須藤元気)らと戦う。
剣心は観柳のもとへ辿り着くが、機関銃を放たれて手出しができない。齋藤、左之助らとともに共闘し、観柳は逮捕されるのだった。
恵から、「薫さんが鵜堂に囚われている」との話を聞き、剣心は鵜堂のもとへと向かう。「人斬り抜刀斎」と呼ばれた頃の気迫がみられないことから、鵜堂は薫に”術”をかけて呼吸を止めてしまう。制限時間2分の中、剣心は鵜堂に立ち向かう。
「人斬り抜刀斎」に戻りつつある剣心の身を案じた薫は、自ら鵜堂の術を解き、剣心が鵜堂を殺害することを止める。とどめを刺すことを拒否した剣心だったが、鵜堂は自ら命を絶つ。かくして危機を迎えていた神谷道場、薫は救われるのだった。
