簡単なあらすじ
1) 緋村剣心(佐藤健)は、志々雄真実(藤原竜也)を倒すべく、師匠・比古清十郎(福山雅治)に飛天御剣流の奥義を伝授してもらう。
2) 志々雄は、伊藤博文(小澤征悦)に「剣心をとらえ、人々の前でさらし首にしろ」と要求。政府は従うしかなく、剣心を指名手配する。
3) 捕らえられた剣心は、斎藤一(江口洋介)とともに作戦を立て、志々雄との直接対決に持ち込む。装甲艦・煉獄に乗り込んだ剣心は、瀬田宗次郎(神木隆之介)を倒した後、志々雄と剣を交える。
4) 志々雄は、戦闘可能時間15分を超え、体が燃え始めて死亡する。志々雄との決着をつけた剣心は、神谷薫(武井咲)に再会し、平穏な生活に戻っていくのだった。
起：比古清十郎との再会
志々雄真実(藤原竜也)の側近に、神谷薫(武井咲)を海中へと突き落とされ、そんな薫を助けようとして自らも海へと飛び込んだ緋村剣心(佐藤健)。だが、剣心は荒れ狂う海で意識を失い、浜辺に打ち上げられたところを師匠・比古清十郎(福山雅治)に助けられる。
三日三晩眠り続けた剣心は、薫が依然として行方不明であることを知る。浜辺にも薫の姿はなかったという。「あの海の中では、助からない」と清十郎に言われ、剣心は落ち込む。
だが、剣心には志々雄の計画を止めるという目的があり、清十郎に「飛天御剣流の奥義を伝授して欲しい」と頼むのだった。
承：志々雄の要求
志々雄や側近の乗った装甲艦・煉獄が東京に到着し、志々雄は大久保利通の後任である伊藤博文(小澤征悦)を呼ぶ。会合が行われ、志々雄は「剣心を探し出し、民衆の前でさらし首にしろ」と要求する。志々雄の要求を飲むしかない政府は、剣心を指名手配するのだった。
京都にいる明神弥彦(大八木凱斗)や相楽左之助(青木崇高)も、剣心の指名手配を知り、左之助は憤る。一方、弥彦たちは薫が無事で、病院に入院していることを知るのだった。目を覚ました薫とともに、左之助たちは東京へと向かう。
剣心は、清十郎と手合わせを行い、奥義の体得を目指していた。だが、清十郎は「お前に欠けているものがある」と指摘するのみだった。翌日、「お前はまた人斬り抜刀斎として過ちを犯す。ならば、お前の息の根を止めることが師匠としてのつとめ」として、とどめを刺そうとする。
そこで剣心は、志々雄を討伐するまでは死ぬわけにはいかない、と清十郎にさらに立ち向かう。清十郎は、「生きようとする意志」こそが剣心に足りなかったものであると明かすのだった。奥義を会得した剣心は、東京へと向かう。
転：煉獄での決戦
神谷道場へと戻った剣心は、警官に逮捕される。斎藤一(江口洋介)は剣心に面会し、そこで「志々雄に近づければ勝機はある」と聞き、とある作戦を思いつく。
「東京湾でさらし首にされる」との噂を聞き、薫、左之助、弥彦は向かう。罪状が読み上げられ、ついに処刑されると思いきや、処刑人は斎藤であり、剣心は縄を切られ、左之助、斎藤らとともに装甲艦・煉獄へと乗り込むのだった。
剣心は瀬田宗次郎(神木隆之介)と再び剣を交え、会得した奥義や逆刃刀・真打もあり、剣心はついに宗次郎を倒す。剣心は志々雄と戦うが、焔霊(ほむらだま)に焼かれ、苦戦を強いられる。一方、伊藤博文は煉獄に向けて砲撃を行い、剣心・志々雄を海へと沈めようとする。
結：志々雄の死
沈みゆく煉獄の中、剣心と志々雄は戦い続ける。劣勢の剣心だったが、志々雄が闘うことができる15分を過ぎ、志々雄は体が突然発火する。汗腺がなくなり、体内の熱を逃すことができない志々雄は、15分が戦闘できる限界だったのだ。かくして、志々雄死亡で決着がついた。
砲撃が続き、煉獄はついに爆発して沈む。だが、剣心や左之助、斎藤たちは間一髪で脱出し、浜辺へとたどり着く。剣心は薫たちに出迎えられ、平穏な生活に戻るのだった。
