背景
「SPEC」と呼ばれる、常人では持ち得ない特殊能力。その能力をもつ人々を「SPECホルダー」と呼び、非SPECホルダーとSPECホルダーとの間で戦争が勃発した。
SPECホルダーにのみ感染するウィルスを制作したプロフェッサーJこと湯田秀樹(遠藤憲一)は、そのウィルスを拡散し、SPECホルダーを抹殺しようとする計画「シンプルプラン」を実行しようとしており、その計画を当麻紗綾、瀬文焚流ら未詳事件特別対策係の刑事たちは止めようとする。
一方、SPECホルダーとは、現人類の前に地球に住んでいた”先人類”であり、宇宙から飛来して増殖を続けた現人類に駆逐されようとしていた種族だった。その先人類たちの世界を取り戻そうとするため、セカイ(向井理)は、現人類たちを殲滅させようとしていた。
当麻たちと、プロフェッサーJやセカイとたちの壮大なる戦いの火蓋が切って落とされることとなった。
登場人物
当麻紗綾(戸田恵梨香)：警視庁公安部設立の未詳事件特別対策係(通称：未詳)に所属する刑事。
瀬文焚流(加瀬亮)：未詳に所属する刑事。元SIT小隊長であったが、部下の志村優作(伊藤毅)を誤射したと疑われ、未詳に配属となる。
野々村光太郎(竜雷太)：未詳の嘱託係長。
一十一(神木隆之介)：時を止める能力のSPECホルダー。当麻の弟であり、プロフェッサーJによりクローンを作成された。
湯田秀樹/ユダ/プロフェッサーJ(遠藤憲一)：当麻の父の親友。シンプルプランを実行しようとしている。死体への憑依ができる能力を持つSPECホルダー。
セカイ(向井理)：人や物体を消失させる能力や、時間を止める能力のSPECホルダー。現人類を殲滅させ、SPECホルダーたち先人類たちにより世界を取り戻そうとしている。
白い女/青池潤(大島優子)：病を治す能力のSPECホルダー。セカイとともに行動をともにしている。
卑弥呼(北大路欣也)：人や物体を消失させる能力のSPECホルダー。当麻たちに協力している。
簡単なあらすじ
1) SPECホルダーを殲滅させようという計画「シンプルプラン」が実行されようとしており、野々村係長はそれを阻止しようと単独で行動していた。そして、その計画に使用される「SPECホルダーにのみ感染するウィルス」を入手する。
2) 野々村は、ウィルスを奪おうとする他国のスパイ・宮野珠紀(三浦貴大)に殺害されてしまう。だが、すでにそのウィルスはすり替えられており、未詳宛に送られていた。
3) 城旭斎浄海(香椎由宇)の襲撃でウィルスの入った瓶は割れてしまい、ウィルスは拡散してしまう。そのウィルスとはインフルエンザウイルスであり、わずかに普通の人類とDNAが異なるSPECホルダーのみ死に至らしめるものだった。制作したのは、湯田秀樹ことプロフェッサーJ(遠藤憲一)であり、彼はSPECホルダーを殲滅しようとしていた。
4) 一方、現人類を殲滅し、先人類たちSPECホルダーたちの世界を取り戻そうとするセカイ(向井理)、青池潤(大島優子)は、湯田と当麻を、先人類復活のための「ソロモンの鍵」として利用しようとするが、当麻はセカイたちと対峙し、戦闘となる。
5) 当麻は、セカイの核ミサイル発射などの現人類抹殺計画を止めたが、激怒したセカイは次々と邪魔立てするSPEC、ホルダーたちを殺害する。当麻は、セカイのSPECを反射して倒す。
6) 当麻は、右手に宿る「別世界へ繋がることができる」というSPECで、セカイたち先人類の霊体を封じ込めようとする。だが、抵抗されてしまい、瀬文に「自分を撃って欲しい」と頼む。瀬文が当麻を撃ち、彼女が絶命すると、先人類たちの霊体は別世界に封じ込められた。当麻の霊体は、先人類の霊体たちとともに別世界へと消えて行ったのだった。
7) 瀬文は、当麻殺しの容疑で逮捕される。別世界へと先人類たちの霊体が移行し、現世界が再構築された中、前世界の記憶を引き継いだのは、両方の世界で「当麻を殺害した」という接点を持つ瀬文のみだったのだ。
8) 牢の中に囚えられた瀬文のもとへ、当麻の霊体が現れる。2人は再会を喜び、渋谷の雑踏の中に姿を消して行った。
