簡単なあらすじ
1) 宇宙船コヴェナントは、2,000人の入植者と1,000人の人間の胚を乗せ、遠くの惑星オリガ-6へと向かっていた。ニュートリノの衝撃波により、宇宙船は損壊してしまい、13人の乗組員は修復していた。
2) そんな中、近くの道の惑星から、人間が送ったと考えられた無線信号を傍受する。その惑星へと向かうと、乗組員たちは次々と「エイリアン」に襲撃されてしまう。そこで、宇宙船コヴェナントのアンドロイド「ウォルター」に似たアンドロイド「デヴィッド」が現れ、乗組員の命を救う。
3) デヴィッドは、「事故により先住民が死亡してしまった」と説明する。だが、それは嘘だった。デヴィッドは、「人間は絶滅しつつある種」であり、「銀河を植民地化すべきではない」と考えていた。惑星の先住民を殺害したのはデヴィッドであり、研究施設で「エイリアン」を作り出していたのは、彼だったのだった。エイリアンの実験を行うため、彼は信号を発信して、人間を呼んでいたのだった。
4) 多くの犠牲者を出しながら、ダニエルズ(キャサリン・ウォーターストン)とウォルターは惑星を脱出する。ところが、ウォルターと思われたアンドロイドの正体は、デヴィッドであった。そのことにダニエルズは気づくが、すでに休眠に入りつつあり、カプセルから出ることはできなかった。
5) デヴィッドは、人間の胚とエイリアンの胚を一緒に入れるのだった。そして、ウォルターとして「ダニエルズとテネシーを除き、ニュートリノの衝撃破により死亡した。だが、船はオリガ-6に向かい続けている」と記録する。
詳細なあらすじ
ウェイランド社のCEOであるピーター・ウェイランド(ガイ・ピアース)は、新たに起動されたアンドロイド「デヴィッド」(マイケル・ファスベンダー)と話をしていた。ウェイランドは、デヴィッドに「人類の創造者を一緒に探し出す」と言う。デヴィッドは、「我々を作り出した人間は有限の命だが、私の命は無限だ」とつぶやく。
LV223での事故の11年後である2104年、宇宙船コヴェナントは2,000人の入植者と1,000人の人間の胚を乗せ、遠くの惑星オリガ-6へと向かっていた。デヴィッドに似たアンドロイドのウォルターが船を監視している中、ニュートリノの衝撃波により、宇宙船は損壊してしまう。
13名の乗組員は休眠状態から目覚め、未知の惑星から発せられた信号を傍受する。新船長代理のオラム(ビリー・クラダップ)は、ブランソン(ジェームズ・フランコ)の妻・ダニエルズ(キャサリン・ウォーターストン)の反対を押し切り、その惑星に降り立つ。
地球に似た惑星に降り立ち、信号が発せられた墜落した宇宙船を発見する。麦畑はあるものの、ヒトや動物の気配はなかった。そんな中、隊員のレッドワード(ベンジャミン・リグビー)は、胞子に感染する。まもなくして、レッドワードは吐血する。宇宙船に引き返すと、レッドワードの背中から奇妙な生き物が食い破ってエイリアンのネオモーフ出てくる。
隊員のファリス(エイミー・サイメッツ)にも襲いかかり、彼女はショットガンを撃って応戦するも、その弾は燃料タンクに当たり、爆発する。次々と犠牲者が出る中、ネオモーフを仕留めたのは、ウォルターと同じ姿形をしたアンドロイドのデヴィッドだった。
デヴィッドは、エリザベス・ショウ(ノオミ・ラパス)博士と惑星に不時着した際、誤って黒い液体である生物兵器を流してしまい、そのせいで惑星の人々を殺害してしまったと明かす。また、エイリアンは新種生物を作るため、黒い液体を触媒に使った結果、生まれたものであると明かす。
デヴィッドは、研究施設へと隊員たちを案内する。だが、ローゼンタールがネオモーフに殺害されると、オラム(ビリー・クラダップ)とウォルターは、デヴィッドが自分たちを罠にはめたと気付くのだった。
デヴィッドは、「人間は絶滅しつつある種」であり、「銀河を植民地化すべきではない」と説明する。惑星の先住民を殺害したのはデヴィッドであり、研究施設で「エイリアン」を作り出していたのは、彼だったのだった。エイリアンの実験を行うため、彼は信号を発信して、人間を呼んでいたのだった。
さらなら犠牲者が出る中、ロープ(デミアン・ビチル)はフェイスハガーに襲われるも、脱出する。さらに、ウォルターはダニエルズを救い、ロープ、ダニエルズは施設を脱出する。テネシー(ダニー・マクブライド)の操作する宇宙船に救助され、ロープ、ダニエルズ、ウォルターが惑星から脱出に成功する。
だが、ロープにもエイリアンは卵を産み落としていた。ロープの腹をつきやぶり、エイリアンが生まれ、再び犠牲者が現れる。だが、ダニエルズとテネシー(ダニー・マクブライド)は、ウォルターとも協力してエイリアンを宇宙空間へと放り出すことに成功する。
コヴェナントは、再びオリガ-6へと向かう。そして、ダニエルズたちは再び休眠に入るのだった。ウォルターは、ダニエルズが眠るのを手助けする。そんな中、ウォルターが自分の亡き夫・ブランソンのことを知らないことに気づく。ウォルターと思っていたのは、デヴィッドであったのだった。
だが、ダニエルズはすでに休眠カプセルから出ることはできなかった。デヴィッドは、人間の胚とエイリアンの胚を一緒に入れるのだった。そして、ウォルターとして「ダニエルズとテネシーを除き、ニュートリノの衝撃破により死亡した。だが、船はオリガ-6に向かい続けている」と記録する。
