簡単なあらすじ
1) 全世界のNATOエージェントのリストが収められたハードディスクを奪われ、ジェームズ・ボンド(ダニエル・クレイグ)は行方を探していた。だが、新人・イヴ(ナオミ・ハリス)との任務であり、敵に逃げられてしまう。
2) 首謀者はラウル・シルヴァ(ハビエル・バルデム)であり、かつてMI6でM(ジュディ・デンチ)の部下としてエージェントを行っていた男だった。Mに裏切られ、敵に激しい拷問を受けるも、Mについての情報を漏らすことはなかった。シルヴァは、自決を図るも命を取り留め、Mに対する激しい愛憎を抱いていた。
3) シルヴァは、わざとボンドたちに捕まり、Mを拉致しようと狙っていた。聴聞会を襲撃するも、シルヴァは失敗して逃亡する。ボンドは、Mを餌にシルヴァをおびき出す。だが、その作戦の中でMは負傷し、シルヴァを倒すことに成功するも、Mは死亡する。
4) ギャレス・マロリー(レイフ・ファインズ)は、新たなMに着任し、ボンドに任務を指示するのだった。
起：ボンドの行方
ジェームズ・ボンド(ダニエル・クレイグ)はトルコで、全世界のNATOエージェントのリストが収められたハードディスクを追っていた。仲間のMI6工作員は負傷し、イヴ(ナオミ・ハリス)とともに、激しいカーチェイスや撃ち合いを繰り広げながら、テロ組織の構成員を追跡する。
電車に飛び乗った的を追い、ボンドもまたバイクで加速しつつ電車の屋根に乗る。連結器を外され、引き離されそうになるも、ボンドはクレーン車を伝って別車両の電車に移る。敵との激しい格闘を行い、そんなボンドをイヴはクルマで追跡する。
激しく揉み合う2人をイヴはスナイパーライフルで狙い、M(ジュディ・デンチ)の命令で撃つ。放った銃弾は、ボンドに命中してしまう。ボンドは河川に流され、行方知れずとなって死亡したとされる。
Mは、NATOエージェントのリストを失った責任を問われ、ギャレス・マロリー(レイフ・ファインズ)に「2ヶ月後、あなたは自発的に引退する。それまで私が監督する」と言われる。だが、Mは「仕事を投げ出したまま辞めるつもりはない」と言う。
そんな中、MのPCがハッキングされる。モニターには「自分の罪を思い出せ」と表示される。直後、MI6の本部が爆破されてしまう。ボンドはMの自宅に突如現れる。「あの時、撃てと命じましたね。僕に任せてくれれば良いものを」とボンドはMに言うが、Mは「あなたを失うか、全世界のエージェントを危機に晒すか。あの時は、ああするしかなかった」と言う。
承：復帰
MI6は、さらに厳重なセキュリティ下に置かれていた。MI6に戻ったボンドは、Mに命じられた通り、復帰テストを受けさせられる。心理テストの中、両親が亡くなるまで生まれ育った家である「スカイフォール」という単語が出てきて、ボンドは動揺する。
肩の傷や治療中の体力低下もあって、テストの結果は良好とは言いがたかったが、Mは「ギリギリで合格よ」と言う。ギャレスは、ボンドの年齢もあり、引退を暗に勧告するが、Mは「ここを任されている以上、彼を使うかどうかは私が判断する」と言い、ボンドを任務に復帰させる。
ボンドは、自ら被弾した銃弾を分析させる。劣化ウラン弾が使用されていたことから、ターゲットはフランスの傭兵・パトリス(オーラ・ラパス)であることを特定する。兵器開発を担当するQから、上海行きのチケットやパスポートを受け取る。そして、自分しか撃つことのできない銃や、発信機など新兵器を渡された。
パトリスを追ってボンドは上海へ向かう。上昇するエレベーターにしがみつき、パトリスに近づく。パトリスは、スナイパーライフルで狙撃準備を行っていた。そんなパトリスへ、ボンドは息を潜めて近づき、格闘の末、パトリスは高層ビルから落下してしまう。
パトリスの持っていた所持品のカジノのチップを手がかりに、ボンドは次の目的地はマカオであると考える。イヴがやってきて、犯人はNATOエージェントのリストを解読し、既に5人の名前が公表されたと知らせる。そして、「毎週、名前を公表していく」と予告される。
ボンドは、マカオのカジノを訪れる。そこで、パトリスの狙撃現場にいた女性を見かける。セヴリン(ベレニス・マーロウ)に声をかけられる。ボンドは、セヴリンに「君のボスに会わせてくれ…ボスに怯えているのなら、君を助ける」と言う。
セヴリンは、「監視する男たちを倒すことができれば、連れて行く」と言って去る。ボンドは、襲撃してきた男たちを倒す。指定した場所にたどり着いたボンドは、セヴリンとともに船で島に向かう。だが、その船には敵の配下たちが乗り込んでおり、2人は捕らわれる。
廃墟と化した島に降り立つと、ボンドはラウル・シルヴァ(ハビエル・バルデム)に会うことになる。シルヴァは、かつてMの下でエージェントを行っていたのだという。ボンドは、シルヴァにセヴリンの頭に乗せたグラスを撃つ射撃ゲームに参加させられる。
シルヴァは、セヴリンを撃つ。だが、その隙を突いてボンドはボディガードたちを撃ち、シルヴァを追い詰める。Qの発信機を追ってMI6のヘリが取り囲み、シルヴァは確保される。
転：シルヴァの狙い
シルヴァはMと対面し、かつてMに見捨てられ、敵に拷問された際に奥歯に仕込んだ青酸カリで自殺を図ったが、命を取り留めたことを語る。そして、Mに復讐を果たそうとしていた。
シルヴァは、任務を越えてハッキングを行った。そのためMは、シルヴァを中国に引き渡し、それと引き換えに6人のエージェントを取り戻すことにしたのだった。QはシルヴァのPCを解析する。だが、それは罠であり、PCに仕掛けられたトラップによりMI6のシステムは乗っ取られ、シルヴァは逃亡する。
シルヴァは、MI6の本部を爆破後、施設が移されることを知っており、捕らえられた後にPCを解析させ、システムをハッキングすることも計画の一部だったのだとQは考える。
ボンドは地下に潜り込んだシルヴァを追うと、その先に地下鉄があった。シルヴァは、警官に扮装して電車に乗っていた。ボンドは電車に飛び乗り、シルヴァを探す。シルヴァは、聴聞会が開かれているウェストミンスターに向かっていた。その聴聞会には、Mが参加していた。
結：シルヴァとM
ボンドは、シルヴァを追い詰める。だが、シルヴァは地下室で天井を爆破し、電車の脱線事故を起こして逃げられてしまう。
聴聞会の会場に、シルヴァが迫っていた。そこで、MはMI6により安全性が守られていることを切々と説く。だが、そこにシルヴァが現れ、激しい銃撃戦となる。ボンドは、消火器を撃って煙幕を作る。シルヴァはやむなく会場から逃亡する。
ボンドは、Mを乗せてクルマを走らせる。Mがターゲットである以上、シルヴァは追ってくると考えていたのだった。ボンドは、Mとともに生まれ育った家「スカイフォール」に向かう。家には、管理人のキンケイド(アルバート・フィニー)がいた。
スカイフォールで、ボンドはMとともに、シルヴァを追い込むための罠を家の中に張る。そこに、シルヴァの部下たちが襲撃してくる。ボンド、M、キンケイドは応戦するが、その中でMは負傷する。ボンドは、Mとキンケイドを秘密の地下通路で逃がす。
ボンドは囮となり、1人応戦する。ボンドはガスボンベに導火線を結びつけて着火する。大爆発を起こして時間を稼ぎ、その隙に地下道へと向かう。Mたちを追うが、その途中でシルヴァに見つかってしまう。
シルヴァの部下の銃を引き寄せ、氷に穴を開けて水中で仕留める。一方、シルヴァはMを追って礼拝堂に向かう。Mに対面したシルヴァは、Mに拳銃を握らせ、M自身とシルヴァの頭を撃ち抜くよう強要する。そこにボンドが現れ、ナイフを投げてシルヴァを倒す。
Mは負傷が原因で亡くなる。亡くなる直前、「あなたを信じて、私は正しかった」と言う。ギャレス・マロリーは、Mを引き継ぐことになった。そんな新たなMとなったギャレスからの任務を、ボンドは引き受ける。
