1月28日8時50分。我妻真里亜(夏菜)は、見知らぬ倉庫に閉じ込められてしまう。彼女の前には、2つのアタッシェケースと、カメラ付きのノートパソコンが置かれていた。爆弾は、3時間後に爆発してしまう。
アタッシェケースには、爆弾とその爆弾の起爆装置を解除させるリモコンが入っている。2つのうち、正解を選べば爆弾を解除し、倉庫の外に出られるが、不正解であれば、爆弾が爆発する。
タイムリミットが迫る中、宅間善人(草彅剛)ら総合事犯対応係のメンバーたちは、倉庫を特定し、真里亜を救出しようと試みる。倉庫内の映像は、総合事犯対応係たちのもとへも送られていた。
その10時間前、真里亜は、過去の事件調書で写真を見て何かに気づいたようだった。さらに、PCでとある動画を観て、部屋を飛び出して行った。彼女は、動画で観た城明予備校に向かったのだ。宅間は、その動画に何かが映っていたのではないかと考える。
さらに、真里亜が見ていた調書は、父の我妻公昭が倉庫で爆発事故に巻き込まれ、死亡したものだった。その写真には、動画に映り込んでいた女・丹羽奈津美(鶴田真由)が映っていた。真里亜は、その彼女に会いに行ったのだった。調書を持っていたのは、公安部だった。そのため、宅間は気になっていた。
奈津美は、真里亜の小学生の頃の家庭教師だった。久しぶりに真里亜は奈津美に会うことになる。真里亜は、奈津美に父の死の間際に留守番電話に入れたメッセージを聞かせる。「真里亜も知っている人を傷つけてしまった」と父は語っていた。宅間は、真里亜の父が爆殺されたのではないか、と指摘する。
奈津美は、真里亜が警察官であることを知っていた。そして、奈津美を倉庫に連れて行き、手錠をかけて拘束する。そして、真里亜の父は公安調査庁の人間だったと知らせる。一方、その2人の様子の動画が、宅間たちのもとへ送られていた。奈津美は、真里亜の父の協力者だという。
奈津美は、大学の研究室を辞めた後、テロ組織に爆弾を作るよう言われたという。困った奈津美は、我妻公昭に相談。公昭は素性を明かし、協力を求めた。テロ組織の犯行計画を知り、公昭に情報を渡す手はずとなっていた。
奈津美は、公昭と関係を持ち、一緒になって欲しいと言った。だが、「協力者に終わりはない。下りると言うなら、君を警視庁に告発する」と言われ、奈津美は公昭を真里亜と同じ状況に置き、結果、公昭を爆殺させたのだった。
奈津美は、平穏な暮らしを送りたかったが、真里亜が自分を見つけてしまったため、このようなことをしたのだと言う。そして、「助かりたかったら、白いアタッシュケースを開けなさい」と言い置いて、倉庫を立ち去る。
堀川耕平(平岡祐太)らは、奈津美の自宅を訪れる。だが、何も手がかりに繋がるものはなく、すぐに逃げ出せるようにしていた。堀川は、奈津美の自宅周辺で、怪しげな車が停車していたことを見つける。
宅間は、奈津美の部屋にあった『女か虎か』をヒントに、奈津美が逃げておらず、公昭を爆殺した倉庫近くにいると踏み、奈津美の身柄を押さえる。一方、そこにも公安部が奈津美の動向を知るため、張っていた。
タイムリミット10分に迫り、宅間は奈津美を尋問する。だが、奈津美は倉庫の位置について口を割ろうとしない。そこで、宅間は奈津美の狙いが、真里亜を父親と同じトラップにかけることだったと指摘。
尋問中、タイムリミットを迎える。だが、爆弾は爆発しなかった。宅間は、奈津美が公昭殺人の時効までの時間を稼ぐために真里亜を倉庫に連れて行ったと指摘する。しかも奈津美は真里亜に乱暴はしておらず、反対側の扉は開けてあった。爆弾もニセモノであり、罪に問われないようにしていた。
公昭は、奈津美と関係を持とうとしなかった。奈津美は、公昭のもとから去った。公昭は、爆弾を完成させようと焦り、爆発させてしまった。過失致死傷罪に問われると考えた奈津美は、時効成立を警察に勾留されて迎える計画を立てたのだった。
だが、その場に真里亜が現れ、奈津美は驚く。松原唯子(芦名星)は、カメラの死角に隠れ、真里亜と入れ替わっていたのだった。
宅間は、真里亜が届けた公昭の死の間際の留守番電話を解析する。そこには、奈津美の「違うわ、そっちじゃない」と伝える声が入っていた。奈津美は、爆弾を完成させようとする公昭に、爆発するニセの針管を教え、爆殺させたのだと立証され、奈津美は罪を認めるのだった。
