宅間善人(草彅剛)は、裏サイトの管理人で「殺人トーナメント」の計画を実行した小池智英(山本裕典)をギャラリーの屋上に追い詰める。小池に拳銃を向けているところ、ビルから転落死してしまう。その様子を、我妻真里亜(夏菜)、姉小路千波(南果歩)らは目撃するのだった。
小池は、宅間の元妻・室町美也子(紺野まひる)に飲ませた神経毒を所持していた。宅間は、「俺と小池の他に、誰かがいた。佐神稚洋(上川隆也)以外の人物が、小池に殺人トーナメントを実行させたんだ」と指摘する。
宅間が手当を受けている中、外に我妻の父・我妻公昭(羽場裕一)がいるのを発見する。真里亜は、公昭のもとへ駆け寄る。その隙に、宅間は逃亡する。宅間に容疑がかかり、総合事犯対応係は捜査からも外され、謹慎を言い渡されてしまう。
滝道博喜(吹越満)は「本当に、宅間が小池を殺害したと思うわけ？」と問い、千波たちへ、捜査一課が宅間を捕らえる前に、見つけ出すよう言う。
野方希望(和田正人)は、宅間がネット上に「容疑者宅間を探せ」というサイトをアップする。地下鉄、私鉄、バスなどを利用し、都内を縦横無尽に駆けまわる宅間を、ネット上のヒントを手がかりに見つけ出すというゲームだった。30分ごとに動き、14回移動するまでに宅間を探しだせば「賞金1億円」なのだという。宅間は、”我々”の存在を公表すると仄めかす。
10時23分にゲームは開始され、17時23分に終了する予定であった。17時23分は、小池が死亡した時刻であり、事件から24時間後に終了することになる。
真里亜は、滝道に”我々”という存在について問いただす。犯罪者を利用する目的で集めたが、逆に野に放ってしまったこと、真里亜の父・公昭が関わっていたことなどについて訊く。
滝道は、”我々”が解体後、その存在を公表すべきとする一派と、抹消すべきと考えている一派に分かれたと明かす。公昭は、”我々”の存在を抹消する、犯罪者側にいると考えられていた。一方、総合事犯対応係は宅間をそんな彼らから守ろうとするために生まれたのだという。
ゲームが進行する中、公昭のクルマが、宅間の乗るタクシーの後ろにつけていた。一方、千波らは小池の拳銃で発砲された形跡がなく、宅間を撃ったのは別人であると知る。そこで、宅間がゲームを仕掛けたのは、小池の事件に目を向け、再調査させる目的があるのでは、と考えられた。
多数のゲーム参加者が詰めかける中、その中に宅間がいた。宅間の前に、野方が現れる。宅間は、彼に拳銃を持たされる。その拳銃が発砲され、野方は倒れた。宅間は、捜査一課の刑事たちに囲まれるが、宅間はその場に設置したビデオを再生する。すると、野方が拳銃を宅間に持たせ、発砲させた様子が映しだされた。
野方が宅間を撃ち、小池を操っていた犯人だった。小池は防弾チョッキを着ており、無傷。そのまま逮捕されることになった。
宅間は、真里亜を”誘拐”し、サイトを使って公昭を誘き出す。公昭は、白河長官(松平健)に真里亜を守るため、”我々”の存在を公表することを待つべきだと言われていたのだった。”我々”の存在を抹消すべく動いていた人物に、真里亜を消されないように公昭は戸籍すら抹消して水面下で動いていたのだった。
宅間は、”我々”解体後に犯罪者たちを利用していた人物を、滝道であると指摘する。元妻・美也子が書いたコラムの存在を知っているのは、宅間を監視していた滝道だけだった。滝道は、宅間に「仲間になれ」と暗に仄めかすが、宅間は拒否する。
滝道は、宅間を撃った後、千波らに逮捕される。千波は、宅間の携帯のGPSを辿ってやってきていた。宅間は、防弾チョッキを着ており、無事であった。一方、滝道は神経毒を飲んで死亡する。
滝道が死亡し、”我々”の存在は再び闇に葬られた。だが、組織ですらなく「理念」となった”我々”は、まだ残党がいるという。
宅間は、事件が終結し、美也子のことを思って海辺で1人泣いていた。そんな中、千波は美也子が病室で意識を取り戻したのを目撃し、宅間のもとへと走るのだった。
