バイオハザード
アメリカの巨大企業アンブレラ社は、秘密裏に細菌兵器の研究開発を進めていた。そのアンブレラ社の地下研究所・ハイブで、生物兵器T-ウイルスがスペンサー・パークス(ジェームズ・ピュアフォイ)によって盗まれてしまう。
スペンサーは、施設内を混乱に陥れるため、T-ウィルスを拡散する。人工知能レッドクイーンは研究所を封鎖、所員全員を死亡させる。アンブレラ社は、レッド・クイーンをシャットダウンさせるため、特殊部隊を向かわせる。
一方、とある洋館でアリス・アバーナシー(ミラ・ジョヴォヴィッチ)は目を覚ます。彼女は、記憶を失ってはいたものの、アンブレラ社の元特殊部隊員だった。アリスは、特殊部隊たちに拉致され、ハイブ内へと連れて行かれる。
ハイブへと向かう列車内で、アリスは、同じく記憶を失っていたスペンサーと出会う。スペンサーは、アンブレラ社の元特殊工作員だった。アリスとスペンサーは、偽装結婚をして洋館で暮らしていた仲だった。
スペンサーは記憶を取り戻し、本来の目的であるT-ウィルス、抗ウィルス剤を盗み出そうとする。だが、スペンサーはT-ウィルスによって変異した怪物リッカーによって殺害される。アリスはその後、再び地上へと向かうべく、列車に乗る。だが、アリスは再び拉致され、今度は病院で隔離される。
再び目を覚ましたアリスは、T-ウィルスによって変わり果てた世界を目の当たりにする。
バイオハザード2 アポカリプス
アンブレラ社の地下研究所・ハイブでは、T-ウィルスによるバイオハザードが発生していた。人工知能・レッドクイーンにより研究者抹殺などが行われたこともあり、研究所内で感染は食い止められていた。
だが、アンブレラ社の社員が内部を調査したところ、内部からクリーチャーたちが外に出てしまい、結果、ラクーンシティへと感染が広まってしまう。T-ウィルスによりゾンビ化した人々は、また別の人間を襲っていく。
アンブレラ社は、事件の隠蔽を図るべく、中央警備局、U.B.C.S.を派遣し、ラクーンシティを封鎖しようと試みる。一方、街の中には、S.T.A.R.S.のジル・バレンタイン(シエンナ・ギロリー)隊員がいた。彼女は、同僚の警官たちとともに、市民を避難させようとしていた。
ジルは、教会に辿り着くが、そこでクリーチャーたちの襲撃を受けてしまう。そこに、アリスが現れるのだった。一方、T-ウィルスを開発した博士チャールズ・アシュフォード(ジャレッド・ハリス)は、娘のアンジェラを探していた。アシュフォード博士は、アリスに街からの脱出方法を教える代わりに、娘を探し出して欲しい、と依頼する。アリスは、事故後に学校へと身を隠していたアンジェラを救出する。
感染制御が困難と判断した政府は、ラクーンシティに核爆弾を落として街ごと破壊することを考える。その直前、アリスやジル、U.B.C.S.の隊長であるカルロス・オリヴェイラ(オデッド・フェール)たちはヘリによって脱出していた。だが、ヘリは爆風に煽られ、山中へと落下・墜落してしまう。
カルロスたちは、アリスが死亡したと考え、その場に残す。だが、彼女は生存しており、研究施設へと運ばれ、人体実験・研究に使われていた。カルロスたちは、アンブレラ社の隊員に扮して研究施設に侵入し、アリスを脱出させるのだった。だが、その様子をサミュエル・アイザックスは人工衛星により把握していた。
バイオハザード3
ラクーンシティにT-ウィルスの感染拡大が起こった数年後、その感染は世界へと広まっていた。地球全土で人口は激減し、文明とは程遠い死の星と成り果てていた。
アンブレラ社は、地下施設で研究を進めていた。サミュエル・アイザックス(イアン・グレン)博士は、アリスの血液から彼女のクローンを作成し、人体実験を繰り返していた。
一方、オリジナルのアリスは、1人で放浪していた。そんな中、クレア・レッドフィールド(アリ・ラーター)率いる生き残った人々の集団「クレア軍団」たちと合流する。燃料を求めるため、彼女たちはラスベガスへと向かう。そこで、アンブレラ社の罠により多くの犠牲者が出る。
アリスは、アイザックス博士を倒すべく、彼のもとへと向かう。カルロス・オリヴェイラ(オデッド・フェール)はT-ウィルスに感染し、発症することを悟った彼は、自らタンク車で突入し、アンデッドの注意を引く。彼のおかげで、アリスたちは施設内部へと入ることに成功する。
ヘリで逃げたアイザックスだったが、彼はT-ウィルスに感染してしまう。彼は抗ウィルス薬を自らに投与するが、タイラントという怪物に変異してしまう。アリスは、自らのクローンとともにタイラントに立ち向かい、倒すのだった。
バイオハザード4 アフターライフ
アンブレラ社は、東京の渋谷にある地下施設を築いていた。そこで、アルバート･ウェスカー議長(ショーン・ロバーツ)の指示により、T-ウイルスの研究・実験が繰り返されていた。
アリスは、その研究施設を自らのクローンとともに襲撃し、壊滅させる。ウェスカーはヘリで脱出しつつ、施設内部に仕掛けていた爆弾を爆発させ、クローンのアリスたちを殺害する。だが、オリジナルのアリスは生き延びており、ウェスカーを追い詰める。だが、そこでアリスはウェスカーに抗ウィルス薬を打たれてしまい、T-ウィルス感染による超人的な力を失ってしまい、ウェスカーに逃げられてしまう。
アリスは、感染者のいないとされるアラスカ「アルカディア」へと向かう。だが、そこに生存者はいなかった。そこに、クレア・レッドフィールド(アリ・ラーター)が現れる。彼女は、アンブレラ社に捕らえられており、胸に装着されたデバイスによって洗脳されていた。
クレアはアリスを襲撃するが、アリスはデバイスを除去して正気を取り戻す。だが、クレアは記憶を失ってしまっていた。アリスとクレアは、生存者を探してロスへと向かうが、そこにいた生存者から、「『アルカディア』は地名ではなく、ロス沖に停泊している船のことだ」と教えられ、そこを目指す。
アルカディアへの辿り着き方を知っていたのは、クリス・レッドフィールド(ウェントワース・ミラー)だった。だが、クリスは無実の罪で刑務所に入れられており、アリスたちはゾンビから襲撃される中、彼を助け出す。クリスは、クレアの兄であったが、クレアは記憶を失っており、兄だとは分からなかった。
アルカディア内には、ウェスカーが待ち構えていた。クリスとクレアは、ウェスカーと戦うが、囚えられてしまう。だが、アリスがウェスカーに立ち向かい、クリスたちを救出する。
ウェスカーは敗走し、甲板からヘリで逃げ出そうとするが、アリスは爆弾を取り付けていた。ウェスカーが逃げ出す中、アリスは起爆装置を押して爆破する。
一方、アルカディアに多くの軍用機が向かっていた。その中に、S.T.A.R.S.のジル・バレンタイン(シエンナ・ギロリー)がいた。彼は、胸に装置をつけられ、操られているようであった(注釈：ジルは、2のラストではぐれていた)。
バイオハザード5 リトリビューション
アルバート･ウェスカーを倒したアリス、クレア、クリスたちは、アルカディアにいた。そこに軍用機に乗ったアンブレラ社の部隊が襲いかかる。その中には、かつて行動をともにしたジルがいた。
圧倒的な数の差の中、アリスは戦闘機の墜落に巻き込まれ、海へ落下する。アリスはそこで意識を失ってしまう。目を覚ますと、彼女は実験施設に囚えられていた。ジルから拷問と尋問を受ける。
だが、エイダ・ウォン(リー・ビンビン)の手引でアリスは脱出する。驚くことにウェスカーは生存しており、エイダは彼の指示でアリスを救出に来たのだった。アリスは、エイダとともに施設から脱出を目指す。その中で、アリスは自身のクローンの遺体と、その娘を発見する。アリスは、その少女を一緒に行動する。
途中、アリスはレオン・S・ケネディ(ヨハン・アーブ)と合流する。レオンもまた、ウェスカーの指示で彼女の救出を指示されていたのだった。
ついにヘリコプターで脱出した彼らは、ホワイトハウスに待つウェスカーと会う。そこで、人工知能レッド・クイーンが人類を滅亡させようとしているのだ、と明かす。そして、ウェスカーはアリスに共闘を呼びかける。
