簡単なあらすじ
1) プリンストン大学の考古学教授であるインディアナ・ジョーンズ(ハリソン・フォード)は、陸軍諜報部からナチス・ドイツが聖櫃(アーク)を発掘しようとしていると知らされる。アークの力を利用し、ナチスは軍隊を増強しようとしており、それより先にインディはアークを手に入れようとする。
2) アークの隠された場所を知るには、「ラーの杖飾り」が必要だったが、それを所有していた恩師アブナー・レイヴンウッド教授はすでに他界していた。同じく杖飾りを狙う秘密国家警察(ゲシュタポ)のアーノルド・エルンスト・トート（ロナルド・レイシー）は、そのありかをアブナーの娘であるマリオン(カレン・アレン)に吐かせようと、拷問しようとする。それをインディは救い出し、杖飾りを所持してマリオンはインディと行動をともにする。
3) エジプトでインディは、杖飾りによりタニス遺跡の「魂の井戸」の場所を発見し、アークを手に入れるのだが、ナチスに協力するフランス人考古学者ルネ・ベロック(ポール・フリーマン)に横取りされてしまう。インディは、マリオンとともにアークを再び奪い返すのだが、結局、べロックとドイツ軍が手中に収める。
4) ギリシャ・クレタ島の秘密基地で、べロックはアークを用いて儀式を執り行おうとする。だが、アークから解き放たれた精霊は、べロックやトート、聖櫃捜索隊の司令官ヘルマン・ディートリッヒ(ヴォルフ・カーラー)らを生きたまま溶かす。インディは、あらましを報告し、アークの入った木箱は陸軍によりエリア51の秘密基地へと置かれることになったのだった。
詳細なあらすじ
1936年、南アメリカ。プリンストン大学の考古学教授であるインディアナ・ジョーンズ(ハリソン・フォード)は、ホビット族に追跡されながらも、チャチャポヤン遺跡でゴールデンアイドルを手に入れる。だが、その宝をフランス人考古学者ルネ・ベロック(ポール・フリーマン)に横取りされてしまうのだった。
インディに、ナチス・ドイツが聖櫃(アーク)を発掘しようとしていると陸軍諜報部から知らされる。アークの力を利用し、ナチスは軍隊を増強しようとしているようだった。ドイツ軍の電報により、彼らはアークのありかを知るため、「ラーの杖飾り」を手に入れようとしているようだった。
ラーの杖飾りは、インディの恩師アブナー・レイヴンウッド教授が所有しているため、インディはアブナーのもとへと向かう。だが、すでにアブナーは他界しており、その娘・マリオン(カレン・アレン)はインディを追い返す。マリオンとインディはかつて恋人同士であった。
インディを尾行していた秘密国家警察(ゲシュタポ)のアーノルド・エルンスト・トート（ロナルド・レイシー）は、マリオンを拷問して、杖飾りのありかを吐かせようとする。だが、インディがそこに現れ、彼女を助ける。店は焼かれてしまうのだが、杖飾りが炎に熱せられており、トートはその杖飾りを握るも、火傷を負って手放してしまう。結果、トートは杖飾りを手に入れることができなかった。
マリオンは、インディとともにアークの存在するエジプトへと向かう。インディは、発掘が得意なサラー(ジョン・リス＝デイヴィス)とともにアークの情報を集める。そんな中、ドイツ軍の聖櫃捜索隊司令官ヘルマン・ディートリッヒ(ヴォルフ・カーラー)らの襲撃により、マリオンはトラックの爆発に巻き込まれてしまう。インディは、マリオンが死亡したと思って悲しむ。
トートは、熱せられた杖飾りを手にした際、火傷を負っていた。その杖飾りの片面の痕がついた火傷により、ドイツ軍は杖飾りの情報を半分手にしていたが、アークの場所を知るには、杖飾り両面の情報が必要だった。インディは、杖飾りを用いてアークの隠された「魂の井戸」の場所へと向かう。
インディとサラーはタニス遺跡の「魂の井戸」の場所を発見する。さらに、インディはマリオンが生存しており、そこに捕らえられていることに気づくのだった。マリオンを救い出し、インディはアークを発見するのだった。ところが、ナチスと協力してアークを手に入れようとしているベロックにより、インディらはアークを奪われた上に、閉じ込められてしまう。
アークはすでに輸送機に積まれていた。そこでインディらは輸送機に潜り込もうとするのだが、インディは見つかってしまい、戦って足止めされてしまう。マリオンは輸送機内に入り込むのだが、そこで輸送機が動き出してしまう。
マリオンも輸送機に備え付けられた機関銃で応戦するのだが、その弾丸が燃料貯蔵場所に当ってしまい、爆発が起こる。混乱の中、インディは輸送機からマリオンを救い出し、ともに脱出するのだった。
べロックは、カイロから飛び立つよう計画変更した。トラックで運ばれるアークを、インディとマリオンは馬に乗って追跡し、トラックごと奪い返す。インディとマリオンは、アークを所持してイギリス行きの船に乗り、エジプトを脱出する。
だが、ディートリッヒ司令官らがUボートに乗って現れ、アークを奪い返し、さらにはマリオンも捕らえられてしまう。インディはひそかに逃げ出し、Uボートにしがみついて追跡するのだった。
ギリシャ・クレタ島に到着すると、べロックは儀式を執り行おうとする。その最中、インディはアークを取り戻そうとするのだが、逆に捕らえられてしまう。インディ、マリオンの前で儀式が行われる。
べロックは、アークの蓋を開くと、そこには砂が入っているだけだった。だが、その直後にアークから精霊が飛び回る。インディは、マリオンに「目を閉じるんだ」と言う。精霊は恐ろしい姿に変貌し、べロック、ディートリッヒ、トートらは生きたまま溶かされてしまうのだった。
インディは、陸軍諜報部にあらましを報告する。そして、アークの木箱は、エリア51の倉庫にひっそりと置かれることになったのだった。
