簡単なあらすじ
1) ジグソウが仕掛けた「ゲーム」に、5人の参加者が参加させられる。その5人は、過去に罪を犯したのだが、罰せられてはいなかった。結果、カーリー、アンナ、ミッチ、ライアンらはジグソウの仕掛けた危険なトラップにより次々に惨殺される。
2) ハローラン刑事は、カーリーの遺体発見後、この事件を調査する。一方、法医病理学者のローガンとエレノアもまた調査を行い、事件現場を特定する。彼らはハローラン刑事が事件に関与していると疑い、一方でハローラン刑事は、ローガンのことを疑っていた。
3) ローガンたちは、事件現場へと向かい、ハローラン刑事はローガンたちを尾行していた。現場の納屋で、ハローラン刑事とローガンは何者かに捕らえられる。そこで、首輪を付けられ、彼らは「全ての罪を告白しろ」と迫られる。元臨床医のローガンは、「誤診によりジョン・クレイマーを死なせてしまった」と告白し、ハローラン刑事は「私欲のために犯罪者を見逃した」と告白する。だが、実はその「ゲーム」を仕掛けたのは、ローガン自身であった。
4) 5人が参加させられたジグソウの「ゲーム」は、10年前のものだった。そして、それはジョン・クレイマー自身が仕掛けたものだった。その中で、最初の犠牲者と思われた男は、ローガン自身だった。ところが、彼はゲームが始まっても意識を取り戻さず、「ミス」で死亡してはならないとジョンは考え、彼を救ったのだった。そして、「弟子」としてローガンを訓練したのだった。
5) ローガンは10年後、亡くなったジョンの遺志を継ぎ、ハローラン刑事をゲームに参加させた。そして、ローガンの亡くなった妻は、ハローラン刑事によって野放しにされた犯罪者により殺害されてしまっていた。ハローラン刑事が死亡したのを見届けるようにして、ローガンは力強く出口の扉を閉めて出ていくのだった。
詳細なあらすじ
エドガー・ムンセンという犯罪者は、警察に追われて屋根の上に追い込まれていた。そこでエドガーは撃たれ、重症を追うのだった。
一方、5人が部屋に閉じ込められ、彼らの首にはチェーンが巻かれ、それは丸鋸へとつながっていた。ジョン・クレイマーの声が吹き込まれたテープが再生され、「脱出するには血を流し、自らの罪を告白しなければならない」と告げられる。4人は丸鋸で傷つき、自らの罪を告白する。だが、残る1人は意識を取り戻さず、死の間際になって目を覚ますが、死亡する。
参加者の1人であるカーリーは、喘息患者の女性の財布を盗み、呼吸困難時に吸入する吸入器を奪ってしまい、死に至らしめたことが明らかになる。カーリーは、他の3人が首吊りで死ぬのを防ぐため、3つの注射器の内1つを自らに注射することを迫られる。彼女は毒物を投与されており、それぞれの注射器には解毒剤、生理食塩水、強酸が入っているのだという。他のメンバーであるライアンは、3本全てをカーリーに注射し、死に至らしめる。
ハローラン刑事とハント刑事は、男の死体、そしてカーリーの死体を調べ、事件の調査を行っていた。また、エドガー・ムンセンは、病院からさらわれており、警察署長がジョン・クレイマーの墓を捜索すると、ムンセンの遺体が発見された。
別室で、ライアンは「出口ではない」と書かれた部屋から脱出しようとして、鋭いワイヤーに脚をとらえられてしまう。他の参加者であるアンナとミッチは、サイロに繋がった部屋を見つけ、入るとそこに閉じ込められてしまう。アンナとミッチは、穀物に埋もれて殺されたくなければ、ライアンの脚をワイヤーから解放するレバーを引く必要があった。ライアンは同意し、レバーを引くのだが、即座に彼の脚は切断されるのだった。
ミッチは、ジョン・クレイマーの甥を轢き殺した男に、ブレーキの壊れた車を売っていたことが明らかになる。ミッチは、「ブレーキレバーに手が届かなければ、体が切り刻まれる」というゲームに参加させられ、ブレーキレバーを引くことができず、死亡する。
法医病理学者のローガンとエレノアは、ハローラン刑事を疑っていた。一方、ハローラン刑事は逆に、ローガンたちを疑っていたのだった。エレノアは「ジグソウ」の熱狂的なファンで、トラップのレプリカを作っており、それが置かれた部屋「スタジオ」へローガンを連れてくるのだった。ハント刑事は、彼らを尾行しており、彼女の「スタジオ」の写真を撮っていた。そして、その写真をハローランに見せる。ハローランは、ローガンたち逮捕に動き出す。
一方、ローガンとエレノアは、病理学の知識を利用し、事件現場を特定し、その場所へと向かう。ハローラン刑事は、ローガンたちを追跡していた。
アンナは、脱出を試みるが捕らえられてしまう。彼女が目を覚ますと、そこには重症を負いながらも生きていたライアンと同じ部屋にいた。そこに、フードをかぶった男が現れる。その人物は、ジョン・クレイマーだった。つまり、そのゲームは10年も前に行われていたものだったのだった。
アンナは、ジョンの古い隣人だった。ジョンが癌と診断された際、アンナはカッとなって幼いわが子を窒息死させた。そして、その遺体を夫が寝ている隙に埋めたのだった。そして、後に夫は悲しみの中で自殺した。
ジョンは、2人の間に銃を置く。そして、それが生きるための「鍵」であると言うのだった。アンナは、ジョンのメッセージを誤って受けとり、ライアンを殺害しようと試みる。だが、引き金を引くと暴発し、アンナは死亡する。実は銃の中にチェーンの「鍵」が隠されており、アンナが撃ったことでその鍵は破壊された。脱出する望みはなく、ライアンはそのことに気づいて、泣き始めるのだった。
ローガンとエレノアは、現場となる納屋を調査し始めていた。だが、ローガンとハローランは襲われ、気絶させられる。彼らは目を覚ますと、首輪をされて「自らの罪を告白しろ」と迫られる。ハローラン刑事は、ローガンにまず罪を告白させる。ローガンは元臨床医であり、誤診によりジョンを手遅れの状態にしてしまったと告白する。ローガンは、告白したにも関わらず、今にも死にそうであった。次に、ハローラン刑事は、私欲のために犯罪を見逃したことを告白する。
次の瞬間、ローガンは立ち上がる。ローガンは、ハローラン刑事に告白をさせるため、捕まったふりをしていただけだった。そして、最初のゲームで死亡したと思われた男も、実はローガンであった。
だが、そのゲームで彼は意識を失った状態のままであったため、ジョンは彼を助け、そして弟子として訓練したのだった。発見された遺体は、ハローラン刑事が自由にした犯罪者だった。ローガンは、自らが10年前に受けた試練を再現したのだった。
ローガンはまた、ハローラン刑事が野放しにした犯罪者により、妻が殺害されたことを明かす。ハローラン刑事は、全ての罪を告白することを拒否したため、死亡する。ハローラン刑事が死亡すると、ローガンは部屋を出ていき、ドアを力強く閉めるのだった。
