簡単なあらすじ
1) FBI捜査官のショーン・アーチャー(ジョン・トラヴォルタ)は、6歳の息子・マイケルと一緒にいるところを襲撃され、マイケルを亡くしてしまう。犯人であるテロリストのキャスター・トロイ(ニコラス・ケイジ)を逮捕すべく、ショーンは執念を燃やしていた。
2) ショーンはキャスターを捕らえるが、キャスターは爆弾を仕掛けていることが判明する。当のキャスターは昏睡状態に陥っており、仕掛けた場所を自白させることはできなかった。そこで、ショーンはキャスターの顔を自らに移植し、キャスターのふりをして刑務所の仲間たちから情報を聞きだそうとする。
3) だが、キャスターはショーンの作戦中に目を覚まし、ショーンの顔を自らに移植させ、さらにはその手術を行った医師を殺害し、顔を2人が入れ替えている証拠を隠滅してしまうのだった。そして、キャスターはショーンになりすまし、FBI捜査官として活躍し始めるのだった。
4) ショーンは、脱獄してキャスターのことを捕らえようとする。激しい銃撃戦の後、ショーンはキャスターを殺害する。自らの顔を取り戻したショーンは、キャスターの妻で、キャスターとの戦いの最中に息子を庇って亡くなったサーシャ・ハスラー(ジーナ・ガーション)との約束を果たすべく、彼女の息子・アダムを引き取り、息子として育てるのだった。
起：息子・マイケルの死
1991年9月、ロサンゼルス。FBI捜査官のショーン・アーチャー(ジョン・トラヴォルタ)は、グリフィス公園で6歳の息子・マイケルとメリーゴーラウンドに乗っていた。テロリストであるキャスター・トロイ(ニコラス・ケイジ)は、アーチャーを狙撃する。アーチャーは一命を取り留めたが、マイケルは死亡してしまった。
6年後、ショーンはキャスターのことを追っていた。キャスターが弟ポラックス(アレッサンドロ・ニヴォラ)とともに空港から逃亡しようとしているとの情報をつかみ、ショーンは空港へと向かう。
銃撃戦を繰り広げる中、ショーンはキャスターと対峙し、キャスターは街に細菌爆弾を設置したと明かすが、ショーンはハッタリと考える。ショーンは、タービンを回してキャスターを吹き飛ばす。ショーンはついに、キャスターを逮捕することに成功するのだった。
承：顔の入れ替え
キャスターは、昏睡状態となっており、爆弾について聞き出すことはできなかった。逮捕されたポラックスも、口を割ろうとはしなかった。そこでショーンは、ウォルシュ医師(コーム・フィオ)の力を借りて、キャスターの顔を自らに移植する。声も、喉頭に小型機械を埋め込むことで変える。
ショーンはキャスターになりすまし、刑務所にいるポラックスから爆弾についての情報を聞き出そうとするのだった。一方、キャスターは昏睡から目を覚ます。彼は、自らの顔がなくなっていることに気づき、手下にウォルシュ医師らを誘拐させ、自らにショーンの顔を移植させるのだった。
その後、キャスターはウォルシュ医師を殺害し、研究所に放火する。ショーンとキャスターが顔を移植して交換した証拠を、キャスターは消したのだった。キャスターは、ショーンの妻・イヴ(ジョアン・アレン)のもとへと何食わぬ顔で向かう。
キャスターは、FBI捜査官のショーンを装い、ポルックスを尋問して爆弾の設置された場所を吐かせたかのように見せかける。そして、爆弾を発見し、解除コードも知っているため、たやすく爆弾を解除する。結果、ショーンとしてキャスターは、一躍ヒーローになるのだった。
転：ショーンの脱獄
CNNのインタビューを受けるキャスターを見て、刑務所にいるショーンは愕然とする。ショーンは、キャスターを止めるため、刑務所から脱獄を試みる。ショーンはその後、妻・イブに電話をかけ、警告しようとするのだった。
キャスターは、娘・ジェイミー(ドミニク・スウェイン)にもショーンを装って接していた。ジェイミーは、ボーイフレンドに乱暴されそうになり、キャスターは彼女を助ける。そして、ジェイミーに、キャスターは自衛する武器として、バタフライナイフを持つように勧めるのだった。
キャスターは、ショーンが脱獄したことを知る。ショーンは、キャスターの仲間のもとにおり、キャスターはFBIの捜査官たちを差し向ける。そこには、ショーンのことをキャスターの妻サーシャ・ハスラー(ジーナ・ガーション)がいた。サーシャとキャスターの間には、5歳の息子・アダムがいた。マイケルのことを思い出し、ショーンは涙する。
その場から逃げだしたショーンは、イブのもとへと向かう。イブは、今家族として暮らしている男がショーンではない証拠に、「血液型を調べろ」と言う。ショーンの血液型はO型であり、キャスターはAB型だった。そのことにより、自分こそがショーンであると証明するのだった。
結：決着
イブから、キャスターがヴィクター・ラザロ(ハーブ・プリズネル)の葬式に出席していると知らされ、ショーンはその場に向かう。サーシャは、葬儀には出るな、とショーンは警告するのだが、彼女は出席してしまう。その場でサーシャは息子・アダムを庇って銃弾を受け、死亡してしまう。サーシャは、キャスターとショーンが入れ替わっていることを知りながらも、アダムのことをショーンに託すのだった。
キャスターは、ショーンの娘ジェイミーを人質にとる。だが、ジェイミーはキャスターから「自衛のため」と渡されていたバタフライナイフで刺し、脱出することに成功するのだった。
ショーンは、キャスターを水中銃で仕留める。そして、手術により、ようやく自分の顔にもどることができたのだった。ショーンは我が家に戻る。サーシャとの約束を果たすべく、ショーンは家族としてアダムのことを迎え入れるのだった。
