医療法人・玄豊会病院に「恐ろしいものが撒かれる」という怪文書が送りつけられる。宅間善人(草彅剛)、我妻真里亜(夏菜)、野方希望(和田正人)の3人は、玄豊会病院へ調査のために訪れ、そこで怪文書が既に計7通も送られていたと判明する。だが、犯行日時も、具体的な金銭等の要求等もなかった。
一方、松原唯子(芦名星)と堀川耕平(平岡祐太)は、梶村隼男(黒岩司)が後頭部から殴られ撲殺された現場を訪れていた。物盗りではなく、怨恨の可能性も低く、トラブルなどに巻き込まれた可能性を考える。
宅間は、「玄豊会病院の怪文書と、梶村の撲殺事件が繋がっている可能性がある。調べて見てね」と姉小路千波(南果歩)にメッセージを残す。梶村は、システムエンジニアであり、玄豊会病院のセキュリティシステムの開発を行っていたのだった。
玄豊会病院では、事務長の山本茂文(袴田吉彦)が、「7通目の内容が、以前とあまりに違い、不吉な文面だから徹底的に調べてほしい」と依頼する。以前の6通は、「整形外科でリハビリを受けると金運が下がる」「眼科には目玉の神様が常に見張っている」など、ふざけた内容であったため、外科部長の高沢憲一(池田政典)は、「わざわざ警察の手を煩わせることでもない」と、反対する。
だが、宅間は「6回空振りでも、最後にホームランがくるかもしれません」と告げ、高沢は渋々承知する。宅間は、これまでの6通の怪文書はブラフで、今度こそ本当に何かが撒かれるのではないか、と推理していた。
大企業・スマートトレンド社のCEO・大城滋夫は入院しており、秘密裏に手術を行って欲しいと依頼。高沢医師は、できるだけ手術室に人が少ない時間を狙って手術を行うことを約束する。
院内の捜査を始めた宅間たちは、案内ボランティアの女性・馬場小百合(小柳友貴美)たちから、「玄豊会病院の七不思議」について耳にする。その内容は、6通目までの怪文書と一致していた。
宅間は、看護師・鳥塚蕗子(逢沢りな)に案内役を頼み、院内の検査を開始する。彼は持参した白衣を着て院内を”回診”するのだと言い出す。リハビリ室を訪れ、「整形外科でリハビリすると金運が下がる」という七不思議について調べる。宅間はリハビリ室で、高齢者から情報を聞き出し、詐欺グループに売っていた男を発見する。
松原と堀川は、大城社長には心臓弁に重篤な障害があり、手術が必要であったと判明する。だが、表向きには海外出張となっていた。
眼科では、「目玉の神様が常に見張っている」という噂について調べる。盗撮を行うためのカメラが設置されており、それは眼科医師の好き嫌いを調べる出入り業者による犯行だった。
松原と堀川は、梶村が倉庫内で病院IDカードを不正に作成させられていたことを突き止める。犯人は、そのIDカードを使用し、病院内に入り込もうとしていた。倉庫には、「湊修一郎」という男のIDがあり、その男が犯人であると考えられ、松原たちも玄豊会病院に向かう。湊修一郎は、大城に強い恨みを持っており、復讐しようとしていた。
宅間は、次々に七不思議の謎を解いていく。最後の謎を解説する中、宅間は鳥塚が七不思議についての怪文書を送りつけていたと指摘。鳥塚は、宅間が七不思議について言う前に怪文書について口にしており、疑われていたのだった。
鳥塚は、怪文書を送ることによって、心療内科医師が患者の水増しを行っていることを知らせ、警察に調べようとしたのだった。だが、「玄豊会病院に恐ろしいものが撒かれる」という怪文書については知らないという。
姉小路らは、宅間たちと合流する。そこで、湊修一郎という男が犯人であり、院内に潜入し、大城を殺害しようとしていると宅間に告げる。
大城は病室におらず、手術室に向かっていた。だが、手術が始まれば、避難もできないため、宅間たちは手術を中止するよう要請する。そんな中、湊は病院全体をロックする。避難しようにもできない状態となっていた。さらに、院内の電気系統も止められてしまう。
テロが起こるという噂が広まってしまい、院内にいる人々はパニックに陥る。そんな中、大城はヘリで転院しようとする。だが、そこで宅間は、「なぜ犯人は怪文書を送るようなことをしたんだろうか」と疑問に思う。宅間は、「湊が撒いたのは、コンピューターウィルスであり、内部のシステムを掌握した。そのために、梶村さんを殺害したんだ」と言う。
宅間は、常に自分たちの動向を見ていた、清掃員に扮した男が湊であると考える。ナイフを持って近づく湊を、松原と堀川は逮捕する。湊は、父親の会社を乗っ取って死においやった大城を恨んでいたのだった。
だが、黒幕は別にいると考えた宅間は、事務長の山本のもとへ向かう。山本は、大城の重病がネット上で拡散したことで株価が下がることを予見し、空売りによって大儲けしようとしていた。山本は湊に情報を流し、怪文書についても教え、大城を殺害させようとしたのだった。
だが、湊には梶村殺害時刻にアリバイがあった。山本は、湊と病院のシステムに細工を行う様子を梶村に見られてしまい、口封じに殺害したのだった。さらに、湊の倉庫の鍵を置いて、罪を着せる細工をする際、鍵で指を切ってその血が残っていたため、それが動かぬ証拠となって山本は逮捕される。
