簡単なあらすじ
1) 2077年の地球は、天変地異や宇宙からの侵略者との核戦争によって荒廃していた。ジャック・ハーパー(トム・クルーズ)とヴィクトリア・オルセン(アンドレア・ライズボロー)は、チームを組んで、地球に滞在して、スカヴに破壊されたドローンを修理するといった任務を遂行していた。
2) ジャックたちは、宇宙ステーション・テットから指示を受けていた。ジャックは、「異星人・スカヴが地球を侵略しようとして戦争となった。地球にはまだスカヴがおり、殲滅させる必要がある」と信じていた。だが、夢に出てきた女性であるジュリア・ルサコーヴァ(オルガ・キュリレンコ)が墜落した宇宙船から発見され、彼女と再会したことや、”スカヴ”の正体が地球に生き残っていた人間であることを気づき、ジャックは少しずつ真実に気づき始める。
3) 地球を侵略したのは、異星人・スカヴなどではなく、テットだった。テットはマシーンであり、星から星を渡り歩き、エネルギーを吸い尽くしていた。さらに、ジャック、ジュリア、ヴィクトリアたちは宇宙飛行士であり、タイタンへの初上陸の任務途中、ジャックとヴィクトリアはテットに捕らえられてしまったのだった。彼らは、クローンを大量に生産され、地球侵略の道具として利用されていたのだった。テットに捕らえらる直前、ジャックはコールドスリープ装置に入っていたジュリアたちが乗せられたモジュールを切り離し、地球へと帰還させたのだった
4) ジャックは、テットへと乗り込み、核爆弾を爆発させてテットを破壊する。ジュリアは、ジャックとともにテットへと乗り込むことを希望したが、コールドスリープ装置に入れられた彼女はテットではなく、地球上の湖畔で目を覚ます。そして、テットが核爆弾で吹き飛ぶ様子を地球上から目撃するのだった。
5) 3年後、ジュリアは湖畔で娘と暮らしていた。ジャックはかつて、「(宇宙飛行士)引退後は、一緒に湖畔で暮らそう」と言っていたのだった。ジュリアと娘のもとに、ジャックのクローンが現れる。彼は、地球上に送りこまれていたクローンだった。そんな彼は、導かれるかのようにジュリアのもとへとやってきて、「僕は、ジャック・ハーパー。家に帰った」とジュリアの姿を見て思うのだった。
起：戦後の地球
2017年、異星人・スカヴは、月を破壊し、地球に天変地異を起こした。地球にダメージを与えた後、スカヴたちは地球を侵略したのだった。地球人は戦争に勝利したが、核兵器を使用したため、地球は既に人類が住める土地ではなくなってしまった。
人類の大半は、土星の衛星であるタイタンへの移住。ジャック・ハーパー(トム・クルーズ)とヴィクトリア・オルセン(アンドレア・ライズボロー)は、チームを組んで、地球に滞在して任務を遂行していた。彼らは、5年前以前の記憶は抹消されていた。
スカヴは、ドローンを爆破したりと、抵抗しており、彼らはそのドローンの修理やパトロールなどを行っていたのだった。
ヴィクトリアは、上空からジャックに司令を送る。ドローンが停止してしまったため、ジャックは修理へと向かう。だが積乱雲の中で、コントロールを失って墜落しそうになってしまう。だが、ジャックは墜落寸前で持ち直す。
ジャックは、ドローンを修理するため、スカヴに警戒しつつ地球に降り立つ。ジャックはドローンを修理し、息を吹き返したドローンは飛び立って行く。
承：ジュリアとの再会
ジャックたちの任務はあと2週間残っていた。ジャックは文句を言いつつ、周囲のパトロールを行う。そんな中、彼は墜落したドローン「172」の反応を見つける。ジャックは、地下へとドローンの回収へと向かい、ヴィクトリアは支援チームを要請する。
だが、それは罠であり、ジャックはスカヴの襲撃を受ける。ロープで脱出を図るが、そのロープは途中で切れてしまう。そんな中、ドローンが現れ、スカヴたちを殲滅する。ジャックはその場で一息つくと、そこにあった一冊の本を拾う。地上に戻ると、バイクが消えており、ジャックは悔しがる。
宇宙船に戻り、ジャックは本が『古代ローマ抒情詩』であることを知り、その本を読み始める。そんな中、スカヴが地球外に「何もない場所」の座標を送っていることに気づき、その発信機をジャックは破壊する。
帰還の途中、ジャックは湖のほとりにある小屋に訪れる。「ここで暮らせたら…」とジャックは考えていた。そこで眠ると、いつもの夢を見た。夢の中で、連れ添うようにいる、見知らぬ女性の姿に出会う。
スカヴが発信していた座標に、宇宙船が近づいていくのを見かける。そこでは、「戦争前の船」が墜落していた。ジャックは、ヴィクトリアの制止命令を振りきって着陸する。
そこには、コールドスリープしていると思しき5名を発見。そして、その中には夢で見た女性ジュリア・ルサコーヴァ(オルガ・キュリレンコ)を発見する。だが、ドローンは彼らを攻撃し始めてしまう。ジャックは、ジュリアの入ったコールドスリープ装置を、身を挺して守る。
コールドスリープ装置を開けると、ジュリアは目覚めた。そして、「ジャック…」と、知らないはずの彼の名前を呼ぶのだった。ヴィクトリアは、ジュリアに「あなたの乗った船は墜落した。生存者はあなただけ」と告げる。
ジュリアは、「極秘任務を遂行していた。船のフライトレコーダーを回収するまでは、何も話せない」と言う。そんな彼女に、ジャックは地球が荒廃した原因である戦争のことを話す。
ジュリアは、ジャックにフライトレコーダーの回収のために飛んで欲しいと依頼する。ジャックは、そんな彼女の熱意に負けて飛行艇を飛ばし、宇宙船の墜落ポイントに向かう。ヴィクトリアは、ジャックたちの映像を見て、何者かが監視映像に映りこんでいるのを発見する。
フライトレコーダーを発見することができたが、ジャックたちをスカヴたちが取り囲んでいた。そして、ジャックとジュリアは、スカヴに捕らえられてしまうのだった。
転：ジャックの正体
ジャックが目を覚ますと、拘束されていた。目の前には、マルコム・ビーチ(モーガン・フリーマン)がいた。マルコムは、「スカヴを目の前で見たことがあるか？」と訊ねる。そして、「スカヴは人間だ」と明かす。そして、ドローンは、人間を殺害するようプログラムされているのだという。
マルコムは、ジャックに「ドローンを再プログラミングして、核爆弾を積んでテット(宇宙ステーション)に向かわせて欲しい」と依頼する。ジャックは断るが、ジュリアを人質にとられ、脅される。そんな中、ドローンが近づいてきてアラーム音が鳴り響く。
マルコムは、「お前らの言う、”放射能汚染地区”へ行ってみろ。そこに真実がある」と言われ、ジャックは向かう。
ジャックは、ジュリアに極秘任務について問う。彼女は、「タイタンへ向かうことになっていたの。だけど、飛行物体が見つかって、追うことになったの。その途中でコールドスリープをして。今思えば、その飛行物体が、テットだったの」と明かす。そして、ジュリアは、ジャックが自分の夫であることを告げ、ジャックが渡した婚約指輪を見せる。
ジャックとジュリアは、ヴィクトリアのもとへ向かう。ヴィクトリアは、「彼に問題が発生し、任務遂行ができなくなりました」と本部に通報してしまう。ドローンは、ジャックとヴィクトリアを殺害しようとする。ヴィクトリアは死亡するがが、ジャックはジュリアによって助けられる。
逃げるジャックとジュリアを、ドローンが追跡する。ジャックは、激しい銃撃戦の末、”汚染地区”である砂漠に不時着する。ジャックは、砂漠の中で自分と瓜二つの姿をした人物に出会う。ドローンを修理しようとしていた彼を、ジャックは止めようとする。
ジャックは、もう1人のジャックと乱闘になる。そんな中、ドローンが動き出して発砲する。ジャックは、もう一人の自分を絞め落とし、ドローンを停止させる。だが、そんな中、ジュリアがドローンに腹部を撃たれてしまう。
瀕死のジュリアは、もう1人のジャックのパトロール機を奪い、自分がいたのと同様の住居場所へと向かう。そこには、死んだはずのヴィクトリアがいた。ジャックは、救護キットを持ち出し、ジュリアのもとへと向かう。
ジャックは、ジュリアを手当てして、湖のそばの小屋へと運ぶ。ジュリアは回復し、そんな彼女にジャックは、自らが「クローン」であることに気づいたのだと告げる。ジュリアは、ジャックが「引退したら、湖のそばで一緒に暮らそう」と言っていたのだと明かす。そして、「この記憶はあなただけのものよ。忘れないで」と言うのだった。
結：ジャックの決意
ジャックは、自分がクローンであり、「テット」によって地球上の人間を殲滅するため、ドローンの修理などを行うために送り込まれている存在であると気づいたのだった。そんな彼は、”スカヴ”の基地へと戻る。
ジャックは、マルコムのテット破壊計画に同意する。そして、ドローンを再プログラミングし、「テット」へ核爆弾をセットして送り込もうとする。だが、それを察知したテットは、ジャックのもとへとドローンを差し向ける。
マルコムは、「月が破壊され、天変地異が起きた。人々は飢え、そこに、君のクローンの群れが現れた。英雄である君を、殺人者に仕立てあげた」と説明する。
さらに、テットとは、殺人マシーンであり、星から星を渡り歩き、エネルギーを吸い尽くすのだという。
マルコムが、ジャックに可能性を見出した理由を、「本を見つけ、それを読みだした。その時、君に一筋の光を見た。そして、彼女を救い出したのを見て確信した。本当の君が、君の中に眠っている、と。あとは引き出すだけで良い」と言う。
「お帰り、ハーパー中佐」とマルコムはジャックのことを呼び、ついに仲間として認めるのだった。ドローンを出撃させようとしたところ、ドローンの群れの襲撃を受ける。マルコムは、戦闘の中で瀕死の重傷を受ける。
「ドローンを、テットに送れ」とマルコムは言うが、ドローンは破壊されてしまっていた。そこで、ジャックは「僕が運ぶ」と言い、ジュリアは「私が一緒なら船を破壊されることはない」と、テットが宇宙船の生存者を連れてくるよう言っていたことを逆手にとるため、同行すると自ら言い出すのだった。
ジャックは、パトロール船でテットへと向かう。「生存者を連れて来いと言われたから連れてきた」と言い、テットへ近づくことを許可される。
ジャックは、フライトレコーダーでテットに近づいた際のことを思いだしていた。テット近づいた際、宇宙船はコントロール不能となった。そこで、ジャックはヴィクトリアとともに、コールドスリープするジュリアたちのモジュールを切り離したのだった。結果、ジャックとヴィクトリアがテットに捕らえられ、多くのクローンが作り出されたのだった。
ジャックは、動揺を見透かしされて焦る。「ここに来た目的を言いなさい」と言われ、ジャックは「ジュリアを死なせたくない。人類を存続させるため、ここに来た」と言い、着陸を許可される。
そこでは、おびただしい数のジャック、そしてヴィクトリアのクローンが眠らされていた。ジャックは、コールドスリープ装置を取り出す。ジャックは、装置を開けると、そこに眠っていたのは、マルコムだった。一方、ジュリアは湖畔の小屋にいて目を覚ます。
マルコムとジャックは、核爆弾のスイッチを押す。テットは破壊され、地球上のドローンもコントロールを失ったのだった。
ジュリアは、テットが爆破される様子を地球上から見ていた。それから3年後、湖近くの小屋でジュリアは娘と暮らしていた。そこに、スカヴや”ジャック”が現れる。彼は、ジャックが出会ったもう一人の自分、52号だった。
52号は、その小屋を探し続けていた。そんな彼は、「僕は、ジャック・ハーパー。家に帰った」とジュリアの姿を見て思うのだった。
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