簡単なあらすじ
1) 警視庁谷袋警察署の百観音前交番に勤務する巡査・菊川玲二(生田斗真)は、スーパー「よしおか」経営の吉岡(小宮孝泰)に、拳銃を向けてしまう。吉岡は、万引き少女を脅して弄んでおり、正義感の強い玲二は許せなかったのだった。このことをきっかけに、谷袋署署長・酒見路夫(吹越満)に、玲二は潜入捜査官(通称・モグラ)になるよう誘われるのだった。
2) 玲二は、度重なるテストに合格し、ついに数寄矢会傘下である阿湖義組に潜り込む。阿湖義組若頭・日浦匡也(堤真一)に気に入られた玲二は、組長と杯を交わす。その中で、月原旬(山田孝之)と組長・阿湖正義(大杉漣)が、合成麻薬MDMAの取り引きに関与していると知るのだった。
3) 阿湖義組とロシアンマフィアで、大規模な取り引きが行われるということになる。そこで、月原は「ドッグフードの缶に入れて運ぶ」と明かすのだが、それは罠だった。玲二は、その偽情報を警察に伝えてしまい、結果、玲二が潜入捜査官であると判明してしまう。
4) 玲二は、月原に処刑されそうになるが、逆に返り討ちにして逮捕する。だが、組長らは逮捕できなかった。一方、クスリを嫌う日浦は、組長に反旗を翻し、日浦組を立ち上げることにした。若頭に引き立てられた玲二は、潜入捜査を続けることを決めるのだった。
起：モグラ誕生
警視庁谷袋警察署の百観音前交番に勤務する巡査・菊川玲二(生田斗真)は、スーパー「よしおか」経営の吉岡(小宮孝泰)に、拳銃を向けてしまう。吉岡は、万引き少女を脅して弄んでおり、正義感の強い玲二は許せなかったのだった。
だが、吉岡は市会議員であり、玲二の行動は大問題となる。谷袋署署長・酒見路夫(吹越満)に呼び出され、玲二は懲戒免職を告げられる。だが、酒見に強気で反抗した玲二は、「合格」と言われ、潜入捜査官(通称・モグラ)になるよう誘われる。
玲二は、広域暴力団「数寄矢会」に潜入し、摘発するための証拠を集めるよう指示される。
承：日浦との出会い
玲二は、指導教官であることを隠した赤桐一美(遠藤憲一)にテストを受ける。全裸でクルマのボンネットにくくりつけられ、街中を駆けるといったテストや、「警察官を殺せ」と命じられるといったテストにも合格し、晴れて玲二は潜入捜査官として捜査を開始する。
捜査に際しては、『土竜の歌』で、潜入捜査官(モグラ)の掟を教えられる。「拷問されても身分を明かすな」「女のフェロモンご用心」「根性決めれば怖くない」といったことを、玲二は肝に銘じる。
玲二は、裏カジノで阿湖義組若頭・日浦匡也(堤真一)に出会う。日浦は、通称「クレイジー・パピヨン」と呼ばれ、玲二を気に入った日浦は、玲二と兄弟の契りを交わす。日浦から、数奇矢会のシノギとなっていた、MDMAの情報を得ようとするが、日浦はクスリを嫌っていた。
一方、阿湖義会若頭補佐・月原旬(山田孝之)の反応から、月原こそがクスリの売買に関わっている人物だと玲二は睨む。月原に取り入った玲二は、月原と組長・阿湖正義(大杉漣)が取り引きに関与していると知る。
玲二は、蜂乃巣会血引一家 若頭補佐・猫沢一誠(岡村隆史)に執拗に命を狙われるが、まだ杯をもらっていないということが判明し、玲二は見逃される。数寄矢組と蜂乃巣会が抗争に発展することを恐れた警察は、玲二に捜査終了を命じる。
だが、玲二は数奇矢会会長・轟周宝(岩城滉一)を逮捕するため、ついには阿湖と親子の杯を交わす。数寄矢組と蜂乃巣会の抗争が始まり、日浦は猫沢が投げた手榴弾から玲二を庇って、両脚を失う。
転：取り引き
阿湖組長は、蜂乃巣会が安く買い叩こうとしたMDMAを買わないか、とロシアンマフィアから誘われ、購入を決める。月原が「ドッグフードの缶にブツを入れて運ぶ」と話すのを聞いた玲二は、その情報を警察に伝える。
だが、それは月原に罠だった。玲二のことを潜入捜査官と睨んだ月原は、偽情報を流したに過ぎなかった。警察はドッグフード缶を調べるが、中にクスリは入っていなかったのだった。
玲二は、犬が運び役となって海を泳いでいることに気づく。一方、取り引きの行われる現場では、蜂乃巣会と警察がにらみ合う状況となっていた。
結：日浦会誕生
月原は、潜入捜査官である玲二を処刑しようとする。だが、玲二は月原に立ち向かい、彼を逮捕するのだった。
また、日浦も闇医者・茂呂里寛(有薗芳記)の義足で、蜂乃巣会のヒットマン・黒河剣太(上地雄輔)と戦う。猫沢は、その戦いの中で、クレーンの下敷きになるのだった。
事態は収束し、玲二の潜入捜査も終了したかに思えた。だが、日浦は、阿湖組長に反旗を翻し、日浦組を立ち上げることにした。若頭に引き立てられた玲二は、潜入捜査を続けることを決めるのだった。
