簡単なあらすじ
1) 杏奈(声：高月彩良)は、両親と血の繋がりがなく、言い知れぬ寂しさや悩みを抱えていた。義母・頼子(声：松嶋菜々子)は、療養地で持病の気管支喘息の静養を行うことを勧め、距離を置くことにした。
2) 療養地で、杏奈は「湿っ地屋敷」という古びた屋敷に既視感を覚える。そして、その屋敷でマーニーという少女に出会う。
3) 杏奈は、マーニーの友人だったという久子(声：黒木瞳)に、マーニーの過去を聞く。マーニーは若くして亡くなった娘の代わりに、孫を育てていたが、病死してしまった。結果、孫は児童保護施設に引き取られたという。その孫こそ、杏奈だったのだ。
4) 自分のルーツを知り、祖母に愛され、そして頼子にも愛されていると分かった杏奈は、自然と頼子のことを「母親」と思うことができたのだった。
起：杏奈の静養
北海道札幌市に住む12歳の杏奈(声：高月彩良)は、両親と血が繋がっていなかった。義父母と上手く接することができず、同級生たちとの関係にも壁を作って寄せ付けない雰囲気があった。
外で絵を描く授業中、持病の気管支喘息で発作を起こしてしまう。主治医の勧めもあり、義母・頼子(声：松嶋菜々子)の地元である親戚・大岩セツ(声：根岸季衣)の家で、夏休みの間、療養することとなった。
海辺の村にやって来た杏奈は、美しい湿地の対岸に、古びた洋館を見つける。どこか懐かしい感じがする杏奈は、村人に尋ねると、そこはもう数10年も人が住んでいない「湿っ地屋敷」なのだという。
承：マーニーとの出会い
ボートに乗って屋敷を目指す杏奈。屋敷の近くまでくると、誰もいないはずの屋敷の窓に明かりが灯り、少女の「ロープをこっちへ投げて」という声が聴こえた。そこには、金色の髪で青い瞳、白いネグリジェの少女が立っていた。
彼女はマーニー(声：有村架純)と名乗り、杏奈はマーニーとすぐに仲良くなった。そして、2人は屋敷で楽しい日々を過ごした。また、昼間に見かけた、湿っ地屋敷の絵を描き続ける高齢の女性・久子(声：黒木瞳)とも親しくなった。
転：マーニーの日記
湿っ地屋敷には、変化が現れた。東京からやってきた一家が、屋敷を改修し上で住むこととなったのだった。一家の娘・彩香(声：杉咲花)は、屋敷を見つめていた杏奈に「マーニー！」と呼びかける。
彩香は、マーニーの部屋にあった日記を読んでおり、杏奈のことを「マーニーではないか」と思ったのだった。
杏奈は、彩香に渡された日記を読む。杏奈は、今まで、マーニーのことを自分の想像上の人物と思っていたが、日記の存在により「マーニーは実在の人物」であると判明するのだった。
結：祖母・マーニー
杏奈は、崖の上のサイロを訪れ、突然の雷雨に外に出ることもできなかった。その夜を過ごし、杏奈は風邪を引いてしまう。見舞いにやってきた彩香は、杏奈に日記の続きを見せる。
風邪が治った杏奈は、屋敷を再び訪れる。そして、絵画の裏に書かれていた署名から、その絵を描いたのは、今も屋敷の絵を描き続ける久子であると判明した。そこで、何かマーニーについて知っているのではないかと考え、杏奈たちは久子に話を聞きに行く。
久子は、マーニーにとって、大切な友人だった。マーニーは父母から離れ、意地悪な使用人とともに寂しい日々を過ごしていた。そんな彼女を支えてくれた、幼なじみの男性と結婚し、子供を産むが、夫は若くして死去してしまう。
病弱なマーニーは、子育てができず、子供は寄宿舎のある小学校で育った。迎えに行くころには、すでに母子関係には大きな亀裂が生じていた。若くして結婚し、家を飛び出した子供は、夫と一緒に交通事故で死亡する。
孫となる子供はまだ幼く、マーニーは、孫であるその子を自分で育てることとなった。その孫こそが、杏奈だった。そこで、マーニーは杏奈に様々な思い出を語った。屋敷で開かれるパーティー、使用人に閉じ込められて怖かったサイロ。その記憶があったため、杏奈は屋敷を見てデジャブのような感覚になったのだった。マーニーは死亡し、孫は親戚の引き取り手がなく、児童保護施設に引き取られた。
頼子が迎えにやってきて、そこで、児童保護施設で引き取る際、杏奈が持っていたという写真を見せた。それは屋敷の写真であり、その写真の裏には「マーニー」と署名があった。
自分が祖母・マーニーに愛され、そして義母・頼子も自分を愛していることが分かった杏奈は、久子に頼子を紹介するとき、自然に頼子を「母です」と呼ぶことが出来た。自分のルーツを知り、大事な祖母との時間を過ごすことができた杏奈は、満ち足りた気持ちで帰路に着くのだった。
