背景・設定
18歳の少女ソフィー・ハッター(声:倍賞千恵子)は、父親の遺した帽子屋を引き継いでいた。だが、妹のレティー(声：香月弥生)に言われるように、「本当に帽子屋になりたかったのか？」と疑問をもつようになっていた。
ソフィーが、兵隊に絡まれていたところ、魔法使いのハウル(声：木村拓哉)に助けられる。だが、ハウルも荒地の魔女(声：美輪明宏)に追われている身だった。ハウルと関り合いをもったソフィーは、荒地の魔女に、90歳の老女の姿に変えられてしまう。
ソフィーは、自らに掛けられた魔法を解いてもらうべく、ハウルの元を訪れるのだった。
登場人物
ソフィー・ハッター(声：倍賞千恵子)：18歳の少女であり、父親の遺したハッター帽子屋を引き継ぐ。ハウルに関わったことで、荒地の魔女に、90歳の老婆の姿に変えられてしまう。
ハウル(声：木村拓哉)：魔法使いの青年。荒地の魔女に追われ、心臓を狙われている。宮廷に仕える王室付き魔法使いであるマダム・サリマン(声：加藤治子)の弟子。
荒地の魔女(声：美輪明宏)：悪魔と契約し、王宮を追放された魔女。若さ・美しさに執着し、ハウルの心臓を狙う。
マルクル(神木隆之介)：ハウルの弟子。
あらすじ
起：ソフィーの変化
18歳の少女ソフィー・ハッター(声:倍賞千恵子)は、父親の遺した帽子屋を引き継いでいた。ソフィーが、兵隊に絡まれていたところ、魔法使いのハウル(声：木村拓哉)に助けられる。だが、ハウルも荒地の魔女(声：美輪明宏)に追われている身だった。ハウルと関り合いをもったソフィーは、荒地の魔女に、90歳の老女の姿に変えられてしまう。
ソフィーは、自らに掛けられた魔法を解いてもらうべく、ハウルの元を訪れる。ソフィーは、カカシの”カブ”を助け、ハウルの動く城に案内してもらう。そして、ソフィーは、ハウルの城で、掃除婦として働くこととなった。
承：サリマンの要請
戦争が始まり、魔法使いのマダム・サリマン(声：加藤治子)は、ハウルに協力を要請してきた。だが、ハウルは断り、サリマンはハウルを襲撃するようになった。その中で、荒地の魔女は魔力を失い、普通の老婆となった。
サリマンの指示で街は攻撃され、ハウルは、ソフィーを守るために戦うことを決意する。ハウルが、自分たちのために戦うことを知ったソフィーは、カルシファーに頼んで、ハウルがあらかじめ帽子屋に移していた城の中身を、荒地に移動したのだった。そして、ハウルのもとへと助けに行こうとする。
だが、荒地の魔女が、ハウルの心臓をカルシファーが持っていることに気づき、手に入れようとする。結果、体を焼かれてしまい、ソフィーが火を消そうとしたたため、カルシファーの魔力が失われ、城は崩れ始めてしまう。
転：ハウルの心臓
城が崩れ、谷底に落ちたソフィーは、別世界へと繋がる扉を見つける。その扉の中で、ソフィーは、子供時代のハウルを見つける。そんな少年ハウルに、ソフィーは、「未来で待ってて」と告げる。ソフィーは、老婆から少女に姿が変わっていた。
ソフィーたちは、ハウルの元へ急ぐ。するとハウルは、戦いの中で自我を失い、変わり果てた姿となっていた。ソフィーは、ハウルの心臓を胸に戻す。すると、カルシファーはハウルとの契約から自由の身となり、ハウルも元に戻った。
結：戦争の終結
城は瓦解し、ソフィーたちは谷へ落下しそうになる。そこを、カカシのカブが助けるのだった。ソフィーは、感謝の気持ちをキスで表すと、カブは人の姿に戻った。カブは、実は隣国の王子だった。そして、「戦争を終らせる」と言うのだった。
サリマンもまた、ハウルへの攻撃や戦争から手を引く。 ソフィーとハウルはキスし、新しいハウルの動く城で、空を飛んで行くのだった。
ストーリーの要点
1) 18歳の少女ソフィー・ハッター(声:倍賞千恵子)は、魔法使いのハウル(声：木村拓哉)に出会い、荒地の魔女から、老婆の姿になる呪いを掛けられる。
2) 魔法を解いてもらうべく、ソフィーは、ハウルの元へ向かい、ハウルの動く城で掃除婦として働くようになる。
3) ハウルは、マダム・サリマンに「隣国との戦争で、協力を要請したい」と言われるが、拒否。結果、サリマンから攻撃されるようになる。サリマンからソフィーたちを守るべく、ハウルは戦いに挑む。
4) 戦いで変わり果てた姿のハウルへ、ソフィーは心臓を戻す。ハウルは元の姿に戻り、ソフィーのキスで、カカシに姿を変えられた隣国の王子も戻る。結果、戦争は終結し、サリマンも手を引くのだった。ソフィーは、ハウルと結ばれ、再び動く城に乗るのだった。
