簡単なあらすじ
1) 迷路から救出されたトーマスは、他の生存者とともに、ミスター・ジャンソン(エイダン・ギレン)にとある施設に連れられていく。
2) ジャンソンが実は「迷路」の実験を行う組織・WCKD(ウィケッド)の一員であることを知り、トーマスら生存者たちは逃げ出す。施設の周囲は砂漠に囲まれており、彼らはWCKDの抵抗組織である「ライトアーム(右腕)」がいる場所を目指す。
3) 嵐から逃れるために避難した場所で、彼らはブレンダ(ローサ・サラザール)とジョージ(ジャンカーロ・エスポージト)に出会う。ブレンダたちは、トーマスたちを「ライトアーム」のもとへと連れて行ってくれるという。
4) ライトアームの居場所にたどり着いたトーマスたちだったが、その場所をテレサ(カヤ・スコデラーリオ)はWCKD側に教えてしまう。WCKDのリーダーであるエヴァ・ペイジ(パトリシア・クラークソン)、そしてジャンソン(エイダン・ギレン)は、テレサとミンホを連れて立ち去る。トーマスは、WCKDに潜入し、友人たちを救出し、エヴァを殺害すると決めるのだった。
起：保護施設
エヴァ・ペイジ(パトリシア・クラークソン)は、トーマス(ディラン・オブライエン)という少年を彼女の組織であるWCKDに迎え入れる。
数年後、迷路から救出されたトーマスは、生き残ったニュート(トーマス・ブローディ・サングスター)、ミンホ(キー・ホン・リー)、テレサ(カヤ・スコデラーリオ)、フライパン(デクスター・ダーデン)、ウィンストン(アレクサンダー・フローレス)らとともに、ジャンソン(エイダン・ギレン)によって保護施設に連れて行かれる。
ジャンソンは、「施設は”フレア”から守られ、安全な避難所だ」と説明する。彼は、衣食住を提供し、他の各地にある「迷路」の生存者たちがそこにはいた。トーマスは、WCKDの活動や、閉ざされた扉の中で、何が行われているのか気になる。
承：砂漠
WCKDのリーダーであるエヴァがまだ生きていること、そして、ジャンソンがエヴァと計画について話をしているのを目撃する。トーマスは、ジャンソンがWCKD(the World in Catastrophe Killzone Department)のために働いていることが分かる。そして、彼はWCKDの抵抗組織である「ライトアーム」の居場所を見つけようとしているようだった。
トーマスは、仲間たちと施設から逃げ出そうとする。連れていかれたテレサを見つけ出し、生存者たちは施設から逃亡する。施設の外は、焦土と化した砂漠が広がっていた。
彼らは人のいない市場でフレアウィルスでゾンビ化したクランクに遭遇する。ウィンストンは、そこでフレアウィルスに感染してしまう。ウィンストンの病状は悪化し、ニュートは彼に拳銃を渡す。彼を残した他の生存者たちは、遠くで銃声が鳴り響くのを聞くのだった。
転：ブレンダとジョージ
嵐がやってきて、彼らは屋内に避難しようとするが、ミンホは雷に打たれてしまう。だが、彼は生きていた。
避難のために入った施設の中は、鎖に繋がれたクランクが多く存在していることが判明した。彼らは、ブレンダ(ローサ・サラザール)と父親代わりのジョージ(ジャンカーロ・エスポージト)に出会う。
ブレンダたちは、生存者たちがWCKDからやってきたことや、WCKDの抵抗組織である「ライトアーム」を探していることを知ると、彼らのもとへ連れて行くことに同意する。まもなく、WCKDがジャンソンに導かれてやってくると、ジョージはその施設を爆破する。
トーマスとブレンダはクランクに追われ、出口を目指す。ブレンダは崩壊した建物から脱出する際、転んでしまってクランクに襲われ、感染してしまう。そんな彼女をトーマスは救出する。
結：トーマスの決意
トーマスは、彼とテレサがWCKDのために働いていた頃のフラッシュバックが甦る。ブレンダとトーマスは、生存者たちに合流し、WCKDのために密かに働くマーカスに、ライトアームがどこにいるのか質問する。
彼らはついにライトアームたちのいる場所に到達する。そこで、ライトアームのリーダーであるヴィンス(バリー・ペッパー)に出会う。ブレンダの感染が悪化し、ヴィンスはブレンダを撃とうとする。だが、元WCKDの科学者であったメアリー・クーパー(リリー・テイラー)は、彼を止め、彼女はブレンダを治療する。
その晩、テレサはWCKDに彼らの居場所を伝える。WCKDのヘリがやってきて、攻撃してきたため、トーマスは皆に警告するために走る。
エヴァとジャンソンがやってきて、ジャンソンは、メアリー射殺する。ジャンソンはトーマスを殺害しようとするが、ブレンダがジャンソンの肩を撃ち、トーマスは難を逃れる。トーマスとライトアームがWCKDの部隊と交戦する一方、ジャンソンとテレサは、テレサとミンホとともにその場を航空機で離れる。
わずかばかりの生存者となり、トーマスはWCKDに潜入し、エヴァを殺害した上で、ミンホを救うと決めるのだった。
