簡単なあらすじ
1) シーザーたちは、ミュアウッズの森に集落を築いて平和に暮らしていたが、そこに人間のアルファ-オメガ部隊が襲撃する。そして、マッククロウ大佐は、シーザーの妻コーネリア、息子ブルーアイズを殺害するのだった。
2) シーザーは逃げ出して一命を取り留める。彼にはオランウータンのモーリス、チンパンジーのロケット、ゴリラのルカといった仲間が加わる。そして、幼い少女・ノヴァもまた、彼らの仲間となって行動をともにする。
3) シーザーは捕らえられ、類人猿の収容所で、マッククロウ大佐によって激しい虐待を受ける。その中で、コバのように人間に対する敵意・復讐心を募らせることになってしまうのだった。シーザーは仲間の手によって逃げ出し、収容所を襲撃する。
4) マッククロウ大佐を撃とうとするが、シーザーは撃つことができなかった。そこで大佐はシーザーの手を持ち、自ら引き金を引いて自殺するのだった。捕らえられていた類人猿たちは、自由の身となって喝采を叫ぶ。そんな中、シーザーは戦いの中で重傷を負っていた。
5) シーザーはもう長くはないことを知りつつ、「息子・コーネリアスは保護されているか？」と訊ねる。仲間のモーリスはシーザーに、「コーネリアスは、あなたがどんな人で、家族にどんなことをしてくれたか知るだろう」と告げる。シーザーは、その言葉を聴いて安心し、息を引き取るのだった。
詳細なあらすじ
アルツハイマー遺伝子治療薬である、ALZ-113ウィルスによって知能を得たチンパンジーのシーザー(アンディ・セルキス)は、類人猿のコバ(トビー・ケベル)が引き起こした人間との戦いに終止符を打った。
シーザーたちは、ミュアウッズの森に集落を築いて平和に暮らしていたが、そこに人間のアルファ-オメガ部隊が襲撃する。兵士たちは、「レッド」という忠実な類人猿を利用して、シーザーたちの基地を探していた。兵士たちは火を放って攻撃をしかけるが、シーザーたちは槍で応酬する。
シーザーたちは、兵士を捕らえるが、「類人猿は危険ではない」とメッセージを送るため、彼らを戻すことにする。そんな中、ウィンターという類人猿に捕らえられていたが、レッドは逃げ出す。
その晩、マッククロウ大佐(ウッディ・ハレルソン)らは、再びシーザーたちを襲撃する。そこで、マッククロウ大佐は、シーザーの妻コーネリア、息子ブルーアイズを殺害する。シーザーは、逃げ出して一命を取り留めるのだった。
棲み処を失ったシーザーに、オランウータンのモーリス、チンパンジーのロケット、ゴリラのルカが続くのだった。4頭は、人間側に寝返ったウィンターを発見し、尋問してマッククロウ大佐が国境に向かっていると知る。
シーザーたちの進む道すがら、父親を亡くした少女・ノヴァを発見する。そのままにしておくことができないと思ったモーリスは、ノヴァを連れていくのだった。そんな中、シーザーたちは「バッド・エイプ」と呼ばれる猿に出会う。彼らに、バッド・エイプは動物園にあったという食べ物を差し出すのだった。
軍の収容所で、シーザーたちは兵士に襲撃される。ルカは兵士を倒すが、その過程で致命傷を負う。ルカのため、ノヴァは泣き叫んで悲しむ。シーザーは夜、収容所で2頭の類人猿が捕らえられているのを発見する。そんな中、レッドはシーザーを背後から襲い、気絶させる。
捕らえられたシーザーの前に、マッククロウ大佐が現れる。シーザーは、「家族を殺されて、会いにきた」と告げるのだった。マッククロウ大佐は詫びた後、「シーお前を殺そうと思っている」と告げる。
シーザーは収容所で働くことになり、仲間のレイクと息子のコーネリアスが別の場所に檻に入れらていた。捕らえられた類人猿たちは、ろくに水や食事を与えられず、虐待されていた。
そんな中、モーリスとロケット、バッド・エイプ、ノヴァたちが収容所に現れる。ノヴァは、シーザーに食べ物や水、そして大事にしていた人形を差し入れるのだった。兵士たちが近づいていたため、ロケットはノヴァを逃がすため、自らおとりとなって捕らえられるのだった。
モーリスとバッドエイプは、地下のトンネルを伝って、収容所への脱出経路を作り出すことにした。シーザーたちは、そのトンネルにより収容所から離れることができた。シーザーは、マッククロウ大佐への憎しみが消えず、ロケットに対して、自らもコバのようであることを認めるのだった。
シーザーは、仲間とともに収容所を襲撃する。マッククロウ大佐のオフィスへと向かうと、酔った大佐がそこにいた。シーザーは話そうとするが、話すことができなかった。シーザーが銃をつかむと、大佐はシーザーの手をとって自らの頭に、その銃口を向けるのだった。シーザーは、引き金を引こうとするができず、大佐は自らその引き金を引くのだった。
シーザーは、トンネルから再び脱出する前に、施設を爆破して逃げ出すのだった。その中で、レッドは射殺されていた。アルファ-オメガ部隊の収容所が爆破されることで、他の類人猿たちは喝采を叫んでいた。
シーザー、そしてほかの類人猿、ノヴァたちは新たなる棲み処を探していた。類人猿たちが自由になったと喜ぶ中、モーリスはシーザーが傷を負っていることに気づいていた。
シーザーはもう長くはないことを知りつつ、「コーネリアスは保護されているか？」と訊ねる。モーリスはシーザーに、「コーネリアスは、あなたがどんな人で、家族にどんなことをしてくれたか知るだろう」と告げる。シーザーは、その言葉を聴いて安心し、息を引き取るのだった。
