遠山金志郎(玉木宏)は、バスの中でしきりに貧乏ゆすりをしている男に注意を向けていた。さらに、その男の横にある紙袋を盗み見る。それから間もなく、その男は紙袋を持ち上げ、「動くな！」と言い、小さな包丁を取り出そうとする。
だが、包丁はすでに遠山が、チラシを拾う振りをして取り出していたの。ところが、バスが急停車したため、遠山は包丁を投げてしまい、再び犯人のもとに包丁が渡ってしまう。
バスが停まり、新人刑事の相川実里(瀧本美織)が乗り込む。実里は、「私が代わりに人質になるます」と言うが、遠山は実里を蹴り出し、自分が人質であり続けようとする。
犯人は、乗客の財布を集める。だが、遠山は「借金いくらあるんですか？…そんなに皆さん、お金は持ってませんよ。そこで一つ、提案が」と遠山は言う。遠山は、犯人を説得し、投降させる。「刑務所の中なら、借金とりから逃げられる。その間に自己破産すればいい」と遠山は犯人に説得したのだった。
遠山は、南洋三(髙嶋政宏)刑事に「後日、署長から感謝状が送られます」と言われるが、丁重に断る。さらに、実里は「公務執行妨害で逮捕します」と言って手錠をかけようとするが、副署長の半田順二(柳沢慎吾)は、「この方が、署長なんだよ！」と明かし、北町署の面々は驚く。
遠山署長は、着任の挨拶を行う。元々、現場志望であった遠山は、初めての署長に喜んでいた。
遠山は、連続強盗殺人事件の調書を読む。犯人は、谷口透と考えられ、警察官に職質されて振り切るようにして逃げ出したのだという。南は、事件の捜査を捜査員に指示する。そんな中、遠山は「落書きの報告が多く上がっています。割れ窓理論ですよ。窓が割られているような場所で、それを見過ごされていると、犯罪率が増加します」と言う。
南は、遠山の意見を一笑に付して無視する。遠山は、「落書き事件と強盗事件は、繋がっている」と言いつつ、落書きの捜査を自ら買って出る。南は、遠山に実里をつけるのだった。実里は、過去の事件での失敗もあり、南は「こっちの事件に戻ってきたかったら、それなりの成果を上げてこい」と言う。
遠山は、バスジャック事件で持ち物不明の財布が一つ残されていることを知る。その財布には、青い汚れが付着していた。さらに、遠山は街に出て落書きを消して回る。落書きの中に、「E」という青い文字が隠されているのを見つける。
遠山と実里は、お好み焼きで昼食をとる。そんな中、落書きをしているのを茶化す高校生がやってくる。彼らは、お好み焼き屋の鉄板で麻雀を始める。店長は、彼らの1人が代議士の息子であり、黙認している状況だった。
別の落書きの中には、「E」(実際は3のように見える反転文字)の青い文字が隠されているのを発見する。その場でチラシ配りも行う遠山に、南は「捜査に口出ししないでもらえませんか」と睨みつける。
翌日も落書きを消しに向かい、今度は「P」の字を発見する。遠山たちの清掃活動により、近隣住民たちも落書きを消すのに参加するようになる。そこで、バスジャックの起こったバスに同乗していた女性に声をかけられる。その女性は、「手袋をした男性が、青い汚れのついた財布を出していた」と証言する。また、谷口は整形手術を受けていることが判明した。
谷口は、バスジャックの起こったバスに乗っていたのだった。彼は、財布を刑事たちから受け取ることができず、そのまま姿をくらませたのだった。
南は、谷口が乗ったバスから、その移動範囲近くにカネを隠していると考える。一方、遠山は落書きの清掃活動を続け、落書きの中に「M」「L」「H」の文字を発見する。このことから、遠山は落書きの意味に気づく。
遠山は、お好み焼き屋で会った高校生が、落書きしようとしているのを発見する。遠山は、彼を追跡する。高校生は、飯塚マサシという名前だった。事情聴取すると、「むしゃくしゃしたから。ストレス発散だった」と言う。
マサシは、「偉そうにすんなよ。警察なんか、何もできないくせに」と反省の様子がなかった。遠山は、マサシが腕を押さえていたことから、誰かに殴られているのではないか、と考える。
落書きの中には、「HELP ME」の文字が隠されていた。遠山は、マサシが落書きの中に助けを求めるメッセージを隠したのではないか、と考える。さらに、「チャンスをくれませんか？僕が君を守ります」と言い、自分の携帯電話の番号を伝える。だが、そこに南が乗り込んでくる。
南は、「現場には関与しないでもらえませんか。上には上、下には下がある…アンタもキャリアなら、今までの署長のように自分の出世だけ考えてたらどうです？」と凄む。遠山は、マサシを管轄外で逮捕したため、南たちは嫌味を言われてしまったのだった。
マサシは、イジメを受けていた。代議士の息子に言われ、仕方なくホームレスを痛めつけていたのだった。マサシの部屋に、石が投げ込まれ、窓が破られる。そして、「いつもの廃ビルに8時集合」と呼び出しを受ける。
遠山は、マサシの家の窓が破られているのを見かけ、マサシを街に探しにいく。そんな中、強盗犯・谷口を見つけるのだった。遠山は、谷口に声をかける。ナイフで刺されそうになり、手を傷つけられる。遠山は、南に連絡し、谷口を目撃したと告げる。その後、マサシを助けるために廃ビルへと向かう。
マサシは、3人組にリンチされる。そこに遠山が現れ、3人を確保しようとする。だが、3人では分が悪く、倒されそうになる。そこに実里が現れ、高校生3人は逮捕される。
さらに、遠山はマサシのジャケットに書かれた「M.I」というイニシャルを見て、カネのありかが分かる。落書きは「HELP MI」と書かれていた。だが、谷口が落書きの書かれた倉庫の扉を開けようとして、Iの文字が「3」のように見えたのだった。その倉庫に、谷口はカネを隠していた。一方、南は谷口を逮捕する。
代議士の息子を事情聴取し、そこに父親が現れる。「すぐに釈放しろ」と圧力をかけるが、遠山は「この桜に誓って、悪事は見逃しません」と言う。
