あらすじ：ネタバレなし部分まで
メイン州のブラック湖で、ビーチとジム・ビッカーマンは、巨大なクロコダイルを捕らえる。ジムは、前作で目、腕、足をクロコダイルに奪われながらも生き長らえていた。
彼らはそれをトラックに乗せて運ぶ。その先には、2人のウェクセル・ホール社の研究者がおり、「不死の蘭」の研究を行っていた。そして、蘭の毒を無害化するため、巨大なアナコンダを交配させ、研究を行っていた。
しかし、そこで運ばれたクロコダイルが暴れて、1人の研究者を殺害する。電流柵が破壊され、メス1匹とオス2匹のアナコンダ、研究所にいた数匹のクロコダイルたちは逃げ出してしまう。
クロコダイルはエサを探し、カップル、そして研究者の生き残りも殺害する。クロコダイル、そしてアナコンダはクリア湖までやってくるのだった。レバ保安官は、合衆国魚類野生生物局のタリーに連絡し、逃亡したクロコダイルを捕獲するよう要請する。
一方、湖近くには大学生グループのティファニー、彼女のアシスタントのアンバー、ブレット、アンドリューらがいた。そんな彼女たちをクロコダイルは襲撃し、ティファニーたちは車で逃げ出そうとするのだが、鍵はビーチに残したままだった。結果、彼女たちは殺害され、クロコダイル、アナコンダは立ち去る。
レバ保安官の息子である副保安官のファーガソンは、生き残りの少女、メリッサを発見し、病院へと連れて行く。一方、タリーとレバはベサニーを探し続けていた。
あらすじ：ネタバレあり・結末まで
ウェクセル・ホール社のCEOである、ピーター “J.D.” マードックの娘のサラ・マードックは、ビッカーマンらチームを引きつれ、卵を産む前のメスのアナコンダを発見し、捕らえる。しかし、だが、チームの1人がクロコダイルに殺害されてしまう。
タリーとレバはクロコダイルに襲撃され、さらにクロコダイルはアナコンダに攻撃され、メスのアナコンダはその場から逃げ出す。サラたちはボートを盗み、乗っている最中にジムはクロコダイルにより水中へと引き込まれる。
アナコンダは次々とチームの兵を殺害する。だが、タリーとレバはアナコンダの内の1匹を倒してベサニー、マルゴ、ジェーンを救出する。そんな中、オスのアナコンダを食べている2匹のクロコダイルを発見する。
そこにメスのアナコンダが現れ、クロコダイルを殺害する。もう一匹のクロコダイルは、オスのアナコンダを放り投げ、ヘリコプターにサラの救出チームが乗ったヘリコプターを撃墜する。
メスのアナコンダがクロコダイルを倒し、ビーチを飲み込む。ビーチは手榴弾を爆発させ、アナコンダを倒すのだった。サラは逮捕され、ジムは笑いながら湖から這い出るのだった。
すでにメスのアナコンダは卵を産んでおり、まるでクロコダイルのような特徴を持つアナコンダが誕生するのだった。
